Structure #65909
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr15 |
| Strand | - |
| Position | 34,050,614 - 34,050,733 |
| Number of sequences | 5 |
| Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken |
| Mean pairwise identity | 92.94 |
| Columns | 119 |
| Mean single MFE | -45.52 |
| Consensus MFE | -39.84 |
| Combinations/base pair | 41 / 37 = 1.11 |
| SCI | 0.88 |
| z-score | -3.62 |
| RNA class probability | 0.999906 |
This structure is part of cluster 34253
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 119 Columns: 119 Strand: + ®¥?w Mean pairwise identity: 92.94 Mean single sequence MFE: -45.52 Consensus MFE: -39.84 Energy contribution: -40.60 Covariance contribution: 0.76 Mean z-score: -3.62 Structure conservation index: 0.88 SVM decision value: 4.48 SVM RNA-class probability: 0.999906 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr15/34050733-34050614 UGGUCAGGUUUCAGCAUAUGUCACAGUGGCCUGUGAUUGAUGACACCCACUGCUGCUUCUCUUGCACAUUUGCAGGGAAUUUAAGCAAAGAGGGAAUGAGCUGAGGCCCAGCUUUGUAU .(((..(((((((((...(((((((((.(....).)))).)))))(((.((..(((((.(((((((....))))))).....))))).)).))).....)))))))))..)))...... ( -42.30) >canFam1.chr30/6452649-6452530 UGGUCAGGUUUCAGCAUAUGUCACAGUGGCCUGUGAUUGAUGACACCCUCUGCUGCUUCUCUUGCACAUUUGCAGGGAAUUUAAGCAAAGAGGGAAUGAGCUGAGGCCCAGCUUUGUAU .(((..(((((((((...(((((((((.(....).)))).)))))((((((..(((((.(((((((....))))))).....))))).)))))).....)))))))))..)))...... ( -47.20) >mm5.chr2/114849330-114849211 UGGUCAGGUUUCAGCAUAUGUCACAGUGGUCUGUGAUUGAUGAUACCCUCUGCUGCUUCUCUUGCACAUUUGCAGGGAAUUUAAGCAAAGAGGGAAUGAGCUGAGGCCCGGCUUGGUAU .((((.(((((((((....(((((((....)))))))........((((((..(((((.(((((((....))))))).....))))).)))))).....))))))))).))))...... ( -49.90) >rn3.chr3/100939575-100939456 UGGUCAGGUUUCAGCAUAUGUCACAGUGGUCUGUGAUUGAUGACACCCUCUGCUGCUUCUCUUGCACAUUUGCAGGGAAUUUAAGCAAAGAGGGAAUGAGCUGAGGCCUGGCUUGGUAU .((((((((((((((....(((((((....)))))))........((((((..(((((.(((((((....))))))).....))))).)))))).....))))))))))))))...... ( -54.50) >galGal2.chr5/27640645-27640764 UGGUCAGGUUUCAGCAUAUGUCAGAGUAGCCCAUGAUUGAUGACACCCUCUGCUGCUUCCCUUGCACAUUUGUGGGGAAUUUAAGCAAAGAGGGAAUGAACAGAGCCUCAGAUUCAUAU .((((((((((...(((.(((((.(((........)))..)))))((((((..(((((.(((..((....))..))).....))))).)))))).)))....))))))..))))..... ( -33.70) >consensus UGGUCAGGUUUCAGCAUAUGUCACAGUGGCCUGUGAUUGAUGACACCCUCUGCUGCUUCUCUUGCACAUUUGCAGGGAAUUUAAGCAAAGAGGGAAUGAGCUGAGGCCCAGCUUGGUAU .(((..(((((((((....(((((((....)))))))........((((((..(((((.(((((((....))))))).....))))).)))))).....)))))))))..)))...... (-39.84 = -40.60 + 0.76)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
