Structure #66427
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr15 |
| Strand | - |
| Position | 35,993,705 - 35,993,824 |
| Number of sequences | 5 |
| Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken, zebrafish |
| Mean pairwise identity | 74.87 |
| Columns | 120 |
| Mean single MFE | -43.68 |
| Consensus MFE | -27.8 |
| Combinations/base pair | 56 / 37 = 1.51 |
| SCI | 0.64 |
| z-score | -3.55 |
| RNA class probability | 0.999863 |
This structure is part of cluster 34519
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 74.87 Mean single sequence MFE: -43.68 Consensus MFE: -27.80 Energy contribution: -28.76 Covariance contribution: 0.96 Mean z-score: -3.55 Structure conservation index: 0.64 SVM decision value: 4.29 SVM RNA-class probability: 0.999863 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr15/35993824-35993705 GGAGAUUAAUGACCAGCUGGGAGGGGUUGAUGGCCUGAGGUGUAGUUGAGGGCCAUUAACCUCAGACAGUCAUUAAAGCCCAGGAAAUGUCCUAUGUCUAGGUCGUUAUUGUUAUUAUA .((.(.((((((((.((((...((((((((((((((..((.....))..))))))))))))))...))))...........((((....)))).......)))))))).).))...... ( -42.20) >mm5.chr2/116640853-116640734 GGAGAUUAAUGACCAACUAGGAGGGGUUGUUGGCCUGAGGUGUGGUUGAGGGCCAUUAACCUCAGACAGUCAUUAAGGCCCAGGAAAUGUCCUAUGUCUAGGUCGUUAUUGUUAUUAUA .((.(.((((((((.........(((((..((((((((((((((((.....)))))..)))))))...))))....)))))((((....)))).......)))))))).).))...... ( -40.60) >rn3.chr3/102789019-102788900 GGAGAUUAAUGACCAACUGGGAGGGGUUGAUGGCCUGAGGUGUAGUUGAGGGCCAUUAACCUCAGACAGUCAUUAAGGCCCAGGAAAUGUCCUAUGUCUAGGUCGUUAUUGUUAUUAUA .((.(.((((((((.((((...((((((((((((((..((.....))..))))))))))))))...)))).....((((..((((....))))..)))).)))))))).).))...... ( -45.90) >galGal2.chr??/137-256 AGGGAGUAAUGACUGGCUGGGAGGAGUUGAUGGCCCGAGGCACUGCUGAGGGCCAUUAACCCUGGCCAGUUAUUAAUCUCAAGGAAAUGCCCUGUGUUUGGCCCAAUACUGUCAUAAUG .((((.(((((((((((..((....(((((((((((..(((...)))..)))))))))))))..))))))))))).)))).(((......))).....((((........))))..... ( -54.10) >danRer1.chrNA/107870486-107870604 GGGAAUUAAUGAGCAGCUGGGAAAAGCUGAUGGCUGGAGAGUCAGCCAAAGGCUAUUAGCUUCGGUCUACCAUUAAUCUCCUGAAAUGCCCAUUUGUGACGUUAUUGUUGGUAUUGAA ((..(((((((..(((((......)))))..((((((((....((((...)))).....))))))))...)))))))..))...((((((.......((((....))))))))))... ( -35.61) >consensus GGAGAUUAAUGACCAGCUGGGAGGGGUUGAUGGCCUGAGGUGUAGUUGAGGGCCAUUAACCUCAGACAGUCAUUAAGGCCCAGGAAAUGUCCUAUGUCUAG_GUCGUUAUUGUUAUUAUA .((.(.(((((((..((((...((((((((((((((..((.....))..))))))))))))))...)))).....((((..(((......)))..))))...))))))).).))...... (-27.80 = -28.76 + 0.96)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
