Structure #66430
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr15 |
| Strand | + |
| Position | 35,993,744 - 35,993,857 |
| Number of sequences | 6 |
| Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken, zebrafish |
| Mean pairwise identity | 79.17 |
| Columns | 113 |
| Mean single MFE | -33.08 |
| Consensus MFE | -22.12 |
| Combinations/base pair | 45 / 32 = 1.41 |
| SCI | 0.67 |
| z-score | -2.78 |
| RNA class probability | 0.972098 |
This structure is part of cluster 34519
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 6 Slice: 1 to 113 Columns: 113 Strand: + Mean pairwise identity: 79.17 Mean single sequence MFE: -33.08 Consensus MFE: -22.12 Energy contribution: -22.41 Covariance contribution: 0.29 Mean z-score: -2.78 Structure conservation index: 0.67 SVM decision value: 1.69 SVM RNA-class probability: 0.972098 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr15/35993744-35993857 GGCUUUAAUGACUGUCUGAGGUUAAUGGCCCUCAACUACACCUCAGGCCAUCAACCCCUCCCAGCUGGUCAUUAAUCUCCAGGAAAUAUCCUGUUUCAGGGUCAUUAUUGUUU ((((((((((((((.(((.((((.((((((...............)))))).)))).....))).))))))))))....(((((....)))))......)))).......... ( -32.76) >canFam1.chr30/8218427-8218540 GGCUUUAAUGACUGUCUGAGGUUAAUGGCCCUCAACUACACCUCAGGCCAUCAACCCCUCCCAGCUGGUCAUUAAUCUCCAGGAAAUAUCCUGUUCCAGGGUCAUUAUUGUUU ((((((((((((((.(((.((((.((((((...............)))))).)))).....))).))))))))))....(((((....)))))......)))).......... ( -32.76) >mm5.chr2/116640773-116640886 GGCCUUAAUGACUGUCUGAGGUUAAUGGCCCUCAACCACACCUCAGGCCAACAACCCCUCCUAGUUGGUCAUUAAUCUCCAGGAAGUACCCUGUUCCAGGGUCAUUAUUGUUU ((((((((((((.(((((((((...(((.......))).)))))))))...((((........))))))))))).....((((......)))).....))))).......... ( -35.90) >rn3.chr3/102788939-102789052 GGCCUUAAUGACUGUCUGAGGUUAAUGGCCCUCAACUACACCUCAGGCCAUCAACCCCUCCCAGUUGGUCAUUAAUCUCCAGGAAGUACCAUGUUCCAGGGUCAUUAUUGUUU ((((((((((((((.(((.((((.((((((...............)))))).)))).....))).))))))))).......((((........)))).))))).......... ( -32.86) >galGal2.chr??/176-288 GAGAUUAAUAACUGGCCAGGGUUAAUGGCCCUCAGCAGUGCCUCGGGCCAUCAACUCCUCCCAGCCAGUCAUUACUCCCUAGGAAAUGCCCUUUGCUGGGUAGUUAUUGUUU (((..((((.((((((.((((((.(((((((...((...))...))))))).))).)))....)))))).))))))).........(((((......))))).......... ( -38.50) >danRer1.chrNA/107870637-107870524 GAGAUUAAUGGUAGACCGAAGCUAAUAGCCUUUGGCUGACUCUCCAGCCAUCAGCUUUUCCCAGCUGCUCAUUAAUUCCCAGAAAAUGUCAUACAUUGCCAUCAUUAUUGUUU (..(((((((((((...((((.....(((...((((((......))))))...)))))))....)))).)))))))..)..(..((((.....))))..)............. ( -25.70) >consensus GGCAUUAAUGACUGUCUGAGGUUAAUGGCCCUCAACUACACCUCAGGCCAUCAACCCCUCCCAGCUGGUCAUUAAUCUCCAGGAAAUACCCUGUUCCAGGGUCAUUAUUGUUU ....((((((((((.(((.((((.((((((...............)))))).)))).....))).))))))))))....(((.....((((((...)))))).....)))... (-22.12 = -22.41 + 0.29)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
