Structure #72717
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr16 |
| Strand | + |
| Position | 1,955,182 - 1,955,309 |
| Number of sequences | 4 |
| Organisms | human, dog, mouse, rat |
| Mean pairwise identity | 85.08 |
| Columns | 129 |
| Mean single MFE | -62.9 |
| Consensus MFE | -57 |
| Combinations/base pair | 48 / 39 = 1.23 |
| SCI | 0.91 |
| z-score | -1.99 |
| RNA class probability | 0.947563 |
This structure is part of cluster 37959
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 129 Columns: 129 Strand: + Mean pairwise identity: 85.08 Mean single sequence MFE: -62.90 Consensus MFE: -57.00 Energy contribution: -57.12 Covariance contribution: 0.12 Mean z-score: -1.99 Structure conservation index: 0.91 SVM decision value: 1.35 SVM RNA-class probability: 0.947563 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr16/1955182-1955309 GGCGUUGGUUGAAAAUCGCCCCCGGCUUUGGCCGUGGCCGCGGGUGAGAUUCGGCGCCCAGAGCCCCCGGGGGCCUCAGCUCACCGCGCGCUGCCCCAUGUGCGGCGGUGAAACCCAGGCCCCGACA (((.(((((((((..((((((.(((((........))))).))))))..)))))...)))).)))....(((((((....(((((((((((........)))).))))))).....))))))).... ( -65.40) >canFam1.chr6/38530148-38530021 GGCGUUGGUUGAAAAUCACCUGCGGCCCUGCCCGUGGCCGCGGGUGAGAUUCGGCGCCCAGAGCCACCGGGGGCCUCAGCUCACCGCCCACUGGUCCUUGUGGAGAGGUGAAACCCAGGCCCCGACA (((.(((((((((..(((((((((((((.....).))))))))))))..)))))...)))).)))....(((((((....(((((.(((((........)))).).))))).....))))))).... ( -67.60) >mm5.chr17/70242672-70242544 GGCGUUCGUUGAAAAUCACCCUCGGCUUUGGCUUGUAGCCGGGGGUGAGAUUCGGCGCCCAGAGCCACAGAGGCCUCAGCUCACCGCCCGCUGCCCCGGUGUGGGAGGGUGAAACCCAGGCCCCUACA (((...(((((((..((((((((((((.........))))))))))))..)))))))......)))..((.(((((....(((((.(((((.((....)))))))..))))).....))))).))... ( -63.90) >rn3.chr10/96758431-96758303 GGCGUUCGUUGAAAAUCAUCCUCGGCUUUGGCCUGUGGCCGGGGUUGAGAAUCGGCGCCCAGAGCCACAGAGGCCUCAGCUCACCCCCUGCUGCCCCAGUGUGGGAGGGUGAAACCCAGGCCCCUACA (((...((((((...(((.((((((((.........)))))))).)))...))))))......)))..((.(((((....((((((((..(.........)..)).)))))).....))))).))... ( -54.70) >consensus GGCGUUCGUUGAAAAUCACCCUCGGCUUUGGC_CGUGGCCGCGGGUGAGAUUCGGCGCCCAGAG_CCACAGAGGCCUCAGCUCACCGCCCGCUGCCCC_GUGUGGGAGGGUGAAACCCAGGCCCCGACA (((((....((((..((((((((((((.........))))))))))))..)))))))))...........(((((((....(((((((((((.........))))).)))))).....))))))).... (-57.00 = -57.12 + 0.12)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
