Structure #72770

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr16
Strand	-
Position	2,786,411 - 2,786,534
Number of sequences	4
Organisms	human, dog, mouse, rat
Mean pairwise identity	80.7
Columns	129
Mean single MFE	-45.65
Consensus MFE	-40.04
Combinations/base pair	53 / 41 = 1.29
SCI	0.88
z-score	-2.08
RNA class probability	0.969978

This structure is part of cluster 37985

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 129
 Columns: 129
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  80.70
 Mean single sequence MFE: -45.65
 Consensus MFE: -40.04
 Energy contribution: -40.85
 Covariance contribution:   0.81
 Mean z-score:  -2.08
 Structure conservation index:   0.88
 SVM decision value:   1.65
 SVM RNA-class probability: 0.969978
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr16/2786534-2786411
GCCGAGACUAAGUCGCAUGCUGACACAGCUCUUGGUGUGCUACGGUACUUGGAGAGAAUCUACUGGUCUUGAUUCACUGGUGGGGGCAGUUGUUGCUUCCUUUAGUGCCCAGAUCAGAAACAU
(((((((((..((((.....))))..)).)))))))((((....)))).((((.....))))(((((((.(...((((((.((((((((...)))))))).)))))).).)))))))...... ( -42.60)
>canFam1.chr21/18662602-18662728
GAGGCUAGAGUCACAUCCUGACACAUUUCUUGUCCUGGUGUGCUAGAGUCCUCAGAGAGAAUCUGCUGGUCUUGAUUCACUGGCGAGGGCAGUUGGUGCCCCCGGUAGUGCCCAGAUCAGAAACAU
((((((..((.((((((..((((.......))))..))))))))..)).))))(((.....))).(((((((.(...(((((.((.(((((.....))))).)).))))).).)))))))...... ( -47.90)
>mm5.chr7/36259866-36259994
GCCGAGGCUAGAGUCACAUCCUGACAUGGUGCUUGUCCUGGUGUGCUACAGUUCUCGGAGAGAAUCGCUGGUCUUGAUUCAUUGGUAGGGGCCUUCAGUGUCCCUUCUAGUGCCCAGAUCAGAAACAU
.((((((((..((.((((((..((((.......))))..))))))))..)).)))))).........(((((((.(...((((((.(((((((....).)))))).)))))).).)))))))...... ( -47.10)
>rn3.chr1/100893808-100893935
CGAGACUAGAGUCACAUCCUGACAUGGCACUUGUCCUGGUGUGCUAGAGUUCUCGUAGAAAAUCUGCUGGUCUUGAUUCACUGGUAGGGGCUUUCAGUGACCCCAUUAGUGCUCAGAUCAGAAACAU
(((((((..((.((((((..((((.......))))..))))))))..)).)))))...........(((((((.((..(((((((.(((((.......).))))))))))).)))))))))...... ( -45.00)
>consensus
__CGAGACUAGAGUCACAUCCUGACACAGCUCUUGUCCUGGUGUGCUACAGUUCUCGGAGAGAAUCUGCUGGUCUUGAUUCACUGGUAGGGGCAGUCAGUGCCCCCUUUAGUGCCCAGAUCAGAAACAU
.((((((((..((.((((((..((((.......))))..))))))))..))).)))))..........(((((((.(...(((((((((((((.......))))))))))))).).)))))))...... (-40.04 = -40.85 +   0.81) 

	

[Download RNAz result]

Consensus structure

Secondary structure graph

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Montain plot

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Dotplot

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