Structure #74372
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr16 |
| Strand | + |
| Position | 27,898,872 - 27,899,035 |
| Number of sequences | 4 |
| Organisms | human, mouse, rat, dog |
| Mean pairwise identity | 78.03 |
| Columns | 163 |
| Mean single MFE | -63.07 |
| Consensus MFE | -35.84 |
| Combinations/base pair | 56 / 44 = 1.27 |
| SCI | 0.57 |
| z-score | -2.77 |
| RNA class probability | 0.989434 |
This structure is part of cluster 38941
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 163 Columns: 163 Strand: + Mean pairwise identity: 78.03 Mean single sequence MFE: -63.08 Consensus MFE: -35.84 Energy contribution: -36.77 Covariance contribution: 0.94 Mean z-score: -2.77 Structure conservation index: 0.57 SVM decision value: 2.16 SVM RNA-class probability: 0.989434 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr16/27898872-27899035 AAGCCAGAAGCAGGAGGCUGUAAUUCUGCAACUUCAGCCUGAGCAGGUGGGGGGAACCUGGCAGGGCCACAGGCAAAAUCAAGGGGGGUGGCCAGAGGCAGAUGCCCAAUGCUGGCAGAAGGUGUGCAGAGCAUUGAGGGUCUGCCAAGUUACCCUUGGCAUG ..(((.((.((((((........)))))).......(((((.((..((.(((....))).))...))..)))))....))...(((((((((....(((((((.(.(((((((.(((.......)))..))))))).).)))))))..))))))))))))... ( -72.70) >mm5.chr7/113505320-113505478 AAGCCAGAGCAGGAAGCUGUGAUUCUGCGUGCUCAGCAGGAGCAGGGUGGGAAUCUGGCAGAGCCACAAGCAGAAACAAGGAAAGAGGCCAGAGACAGAUGCCUAGUGCUGGCAGAGAUACAAGGAUGCUGCGGAUUGGCCAAGUUGCCCUUGGCAUG ..(((((.((((...((((((..(((((.(((((.....)))))((((....)))).)))))..))).)))...............((((((.(.(((...(((.(((((.....)).))).)))...))))...))))))...))))..)))))... ( -54.80) >rn3.chr1/185261682-185261841 AAGCCGGAGCAGGAAGCUGUAAUUCUGCAUGCUCAGCAGGAGCAAGGGUGGGAACCUGGCAUAGCCACAAGCAGAAACAAGGAAAGAGGCCAGAGACAGAUGCCUGGUGCUGGCAGAGAUACAAGGAUGCUGCGGACUGGCCAAGUUGCCCUUGGCAUG .(((((.((((......((((.((((((.(((((.....))))).((((....))))(((...)))....))))))............(((((...(((....)))...))))).....))))....)))).))).)).((((((.....))))))... ( -57.50) >canFam1.chr6/58778357-58778194 AAGCCAGAAGCAGGAAGCCAUAACGAUGCAACCUCACCCUGAGCAGGUGGAGGAAACCUGGCAGGGGUGCAGGCAGCAUCCAGGGAGGUGGCCAGAAGCAGAUGCCCAAGGCUGGCAGAAGGUCUGUGGAACACGGAGGGUCGGCCAAGUUGCCCUUGGCAUG ..(((((..((((..((((.....(((((..(((((((((...(((((.......)))))...)))))).)))..)))))..(((.....((.....)).....)))..))))(((.((...((((((...))))))...)).)))...))))..)))))... ( -67.30) >consensus AAGCCAG_AGCAGGAAGCUGUAAUUCUGCAACCUCAGCAGGAGCAGG_GGUGGGAACCUGGCAGAGCCACAAGCAGAAACAAGGAAAGAGGCCAGAGACAGAUGCCCAAUGCUGGCAG_AGAUACA_AGAACACUGAGGAUCGGCCAAGUUGCCCUUGGCAUG ..(((((..((((...((((((.((((((...(((.....)))(((((.......))))))))))).))).)))...............((((((...(((.((((.......)))).......((.....)))))....))))))...))))..)))))... (-35.84 = -36.77 + 0.94)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
