Structure #74781
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr16 |
Strand | - |
Position | 31,943,945 - 31,944,062 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 79.66 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -48.8 |
Consensus MFE | -36.12 |
Combinations/base pair | 42 / 34 = 1.24 |
SCI | 0.74 |
z-score | -1.57 |
RNA class probability | 0.622027 |
This structure is part of cluster 39122
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 79.66 Mean single sequence MFE: -48.80 Consensus MFE: -36.12 Energy contribution: -36.12 Covariance contribution: 0.00 Mean z-score: -1.57 Structure conservation index: 0.74 SVM decision value: 0.18 SVM RNA-class probability: 0.622028 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr16/31944062-31943945 UCUUCCUGGCCACUGUUUUGGCGGGGGAGGGGACUGGGGGGGCGGGCAAGUCGGCCUGGCUUCUGUGGUCCCAGUGAAAUGGUCUGGUUUGAUUUGGCUGUACAGAGAUCCCCUGAC .((((((.((((......)))).))))))(((((((.((((((((((......)))).)))))).))))))).........(((.((.....((((......)))).....)).))) ( -49.80) >mm5.chr11/97181756-97181645 UCUCCCUGGCCACUGUCUGGCAGGGGAGGGGCUGGGGACAGGCGUGUGGCCUGGUUUCUGUAGUCCCUGUGGAGCAGUUUGGUUUGAUUUGGCUGUACAGAGACCCCUGGC (((((((.((((.....)))).))))))).((..(((.(((((.....)))))(((((((((..((..((.((((......)))).))..))...))))))))))))..)) ( -53.30) >rn3.chr10/86270730-86270619 UCUCCCUGGCCGCUGUCUGGCAAGGGAGGGGCUGGGGACAGGCGUAUGGCCUGGUGUCCAUAGUCCCCGUGAAGCAGUUUGGUUUGAUUUGGCUGUACAGAGACCCCUGGC (((((((.((((.....)))).))))))).((..(((.(((((.....)))))((.((.((((((...((.((((......)))).))..))))))...)).)))))..)) ( -46.00) >canFam1.chr9/37313071-37313189 UCUCCCUGGCCGCUGUUUUGGCAGCGGAGGGAGGCUAGAGGAUGGGCACAUCGGCCUGGCUUCUGUGGUCCAGUGAAAUGGUUUGGUUUGAUUUGGCUGUACAGAGACCCCCCCCUGA (((((((..(((((((....)))))))))))))).(((.((..((((......))))((..((((((...((((.((((.(.......).)))).))))))))))..))..)).))). ( -46.10) >consensus UCUCCCUGGCCACUGUCU_GGCAGGGGAGGGG__CUGGGGA__CAGGCAUAU_GGCCUGGCUUCUGUAGUCCCAGUGAAACAGUUUGGUUUGAUUUGGCUGUACAGAGA___CCCCUGGC (((((((.(((........))).)))))))......((((...(((((......)))))...((((((..((.(((.((((......)))).))).))...)))))).....)))).... (-36.12 = -36.12 + 0.00)