Structure #74844
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr16 |
Strand | + |
Position | 33,595,118 - 33,595,236 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 79.34 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -48 |
Consensus MFE | -40.08 |
Combinations/base pair | 48 / 33 = 1.45 |
SCI | 0.83 |
z-score | -1.39 |
RNA class probability | 0.617066 |
This structure is part of cluster 39159
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 79.34 Mean single sequence MFE: -48.00 Consensus MFE: -40.08 Energy contribution: -37.57 Covariance contribution: -2.50 Mean z-score: -1.39 Structure conservation index: 0.83 SVM decision value: 0.17 SVM RNA-class probability: 0.617066 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr16/33595118-33595236 CUCUUCCUGGCCACUGUUUUGGUGGGGGAGGGGGGCUGGGGGGGGCGGGCACGUCUGCCUGGCUUCUGUGGUCCCAGUGAAAUGGUCUGGUUUGAUUUGGCUGUACAGAGAUCCCCUG ((((((((.((((......)))).)))))))).....(((((((.((((((....)))))).)(((((((....((((.((((.(.......).)))).))))))))))).)))))). ( -50.70) >mm5.chr11/24467210-24467100 CUCUCCCUGGCCACUGUCUGGCAGGGGAGGGGCUGGGGACAGGCGUGUGGCCUGGUUUCUGUAGUCCCUGUGGAGCAGUUUGGUUUGAUUUGGCUGUACAGAGACCCCUG ((((((((.((((.....)))).))))))))...((((.(((((.....)))))(((((((((..((..((.((((......)))).))..))...))))))))))))). ( -51.30) >rn3.chr10/24462731-24462621 CUCUCCCUGGCCGCUGUCUGGCAAGGGAGGGGCUGGGGACAGGCGUAUGGCCUGGUGUCCAUAGUCCCCGUGAAGCAGUUUGGUUUGAUUUGGCUGUACAGAGACCCCUG ...(((((.((((.....)))).)))))((((((((((((((((.....))))((...))...))))))(((.(((.(((......)))...))).)))..)).)))).. ( -45.00) >canFam1.chr9/16329628-16329745 CUCUCCCUGGCCGCUGUUUUGGCAGCGGAGGGAGGCUAGAGGAUGGGCACAUCGGCCUGGCUUCUGUGGUCCAGUGAAAUGGUUUGGUUUGAUUUGGCUGUACAGAGACCCCCCCCU .(((((((..(((((((....))))))))))))))....(((..((((......))))((..((((((...((((.((((.(.......).)))).))))))))))..))....))) ( -45.00) >consensus CUCUCCCUGGCCACUG_UCUGGCAGGGGA__GGGGCUGGGGA___CAGGCACAU_GGCCUGGCUUCUGUAGUCCCAGUGAAACAGUUUGGUUUGAUUUGGCUGUACAGAGA___CCCCUG ((((((((.((((......)))).)))))..(((((((.(((...(((((......)))))...))).)))))))......((((((...........))))))...))).......... (-40.08 = -37.57 + -2.50)