Structure #102180

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr2
Strand	+
Position	65,297,447 - 65,297,565
Number of sequences	4
Organisms	human, mouse, rat, dog
Mean pairwise identity	80.5
Columns	120
Mean single MFE	-42.68
Consensus MFE	-35.75
Combinations/base pair	50 / 38 = 1.32
SCI	0.84
z-score	-1.71
RNA class probability	0.834246

This structure is part of cluster 53790

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  80.50
 Mean single sequence MFE: -42.67
 Consensus MFE: -35.75
 Energy contribution: -36.88
 Covariance contribution:   1.12
 Mean z-score:  -1.71
 Structure conservation index:   0.84
 SVM decision value:   0.73
 SVM RNA-class probability: 0.834246
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr2/65297447-65297565
CCAGCAGUCGUUAGCUCUCCUGGCUAGUGUGAUGCCUGUGAUGGUGUUUCACUGUUGGAACAGCAAGCACUGUCUUAAUUGAGGCUUGGCUCCGGGUGCUGUUUUGGUGUGGGGCCAA
...(((((.(((.(((...(..((.((((.((((((......)))))).))))))..)...))).)))))))).........(((((.((.(((((......))))).)).))))).. ( -42.10)
>mm5.chr18/35997134-35997252
CCAGCAGUUGUCAGCUAUCCAGGCUGUGUGGUGCCCGAGAUCGUGUUACACUGUUGGAAGAGUAAACACUGCCUUACUAAGGGUCGGCUCCCAGCACUGUUUUGGUGUCUGGUGCUGA
...(((((.((..(((.(((((.(.((((((..(........)..)))))).))))))..)))..)))))))...........(((((..((((((((.....)))).)))).))))) ( -39.90)
>rn3.chr18/28207031-28207148
CCAGCAGUUGUCAGCUGCCCAGGCUGUGUGGUGCCUGUGAUUGUGUUACACUGUUGGAAGAGCAAAGGCUGCUUUAGAAGGGUUGGCUCCAAGCACUGUUUUGGUGUUUGGUGCUGA
((((((((.((..((..(.(((((........))))).)...))...)))))))))).((((((.....)))))).......(..((.(((((((((.....))))))))).))..) ( -45.40)
>canFam1.chr11/28125391-28125510
CCAGCGGUUGUCAGCUAUCCAGGCUAGUAUGUUGCCUUGGAUGGUGUUACACUGUUGGAAGAGCAAACACUGCCUUUAUUGAGGUCUGGCUCCGAGCACUGUUUUGGUGUUGCAGCUAA
((((((((.((..(((((((((((.........))).))))))))...)))))))))).............(((((....))))).(((((.(.((((((.....))))))).))))). ( -43.30)
>consensus
CCAGCAGUUGUCAGCUAUCCAGGCU_GUGUGGUGCCUGUGAUGGUGUUACACUGUUGGAAGAGCAAACACUGCCUUAAUUAAGGGUUGGCUCCGAGCACUGUUUUGGUGU_UGGUGCUAA
((((((((.((..(((((((((((.........))))).))))))...))))))))))..............((((....))))..((((((((.(((((.....))))).)))))))). (-35.75 = -36.88 +   1.12)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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