Structure #110234
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr2 |
Strand | - |
Position | 179,216,663 - 179,216,763 |
Number of sequences | 6 |
Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken, zebrafish, fugu |
Mean pairwise identity | 64.88 |
Columns | 119 |
Mean single MFE | -30.72 |
Consensus MFE | -17.93 |
Combinations/base pair | 33 / 20 = 1.65 |
SCI | 0.58 |
z-score | -3.48 |
RNA class probability | 0.992568 |
This structure is part of cluster 58300
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 6 Slice: 1 to 119 Columns: 119 Strand: + Mean pairwise identity: 64.88 Mean single sequence MFE: -30.72 Consensus MFE: -17.93 Energy contribution: -16.10 Covariance contribution: -1.83 Mean z-score: -3.48 Structure conservation index: 0.58 SVM decision value: 2.34 SVM RNA-class probability: 0.992568 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr2/179216763-179216663 GAAAUGUAAGGCAUUGGUGAUGUUUGCAUUUACCCUCCUGUAAGCAACACUUUAACGUCUUACAUUUUCUCUGAUGAUGUCACACAAAAUUAUCAUGAC ((((((((((((...((((.((((((((..........)))))))).)))).....)))))))))))).(((((((((..........))))))).)). ( -28.60) >mm5.chr2/76598702-76598600 GAAAUGUAAGGCAUUGGUGAUGUUUGCAUCUACCCUCCUGUAAGCAACACUUUAACGUCUUACGUUUUCUCUGAUGAUGUCACACUGAAAAUUAUCAUGAC ((((((((((((...((((.((((((((..........)))))))).)))).....)))))))))))).(((((((((.((.....))..))))))).)). ( -28.70) >rn3.chr3/59301368-59301266 GAGACAUAAGGCAUUGGUGAUGUUUGCAUCUACCCUCCUGUAAGCAGCACUUUAACGUCUUAUGUUUUCUCUGAUGAUGUCACACUUAAAAUUAUCAUGAC ((((((((((((...((((.((((((((..........)))))))).)))).....)))))))))))).(((((((((............))))))).)). ( -28.50) >galGal2.chr7/21153569-21153669 GAAAUGUAAGGCACUGGUGAUAUUUACAAUUACCCUCCUGUAAGUAUUACUUUAAUGUUUUACAUUGGAUCUGAUUACGUCGUAAUUUCCAUGCCUGAC ..(((((((((((..(((((((((((((..........)))))))))))))....)))))))))))(((...((((((...)))))))))......... ( -26.80) >danRer1.chrUn/518-403 GAAUUUAUGACUUGAAUGUAAGACCUUGAGUGCUGUUUGCAUUUUACCCUCAUGUAAGCAGGACAACUGGGUCUUGUGUUCAGGGCGACAAAGUCAUACCGCCAUUUUAAUGAC .....(((((((((((..((((((((...((.((((((((((.........)))))))))).))....))))))))..)))..(....).))))))))................ ( -38.40) >fr1.chrUn/124298707-124298801 UGAACUUAAGACCCUGAGUGCUGCUUCCAUCACCCUCAUGGAAGCAGCAGGAACCGGUCCUGAGCUCAGACCGACUGCGUCGUACCUUCUUCC .......((((..(((((((((((((((((.......)))))))))))((((.....))))..))))))..((((...)))).....)))).. ( -33.30) >consensus GAA____________AUGUAAGGCAUUG_GUGAUGUUUGCAUCU_ACCCUCCUGUAAGCAGCACUUUAACGUCUUACGUUUUCUCUGAUGAUGUCACAC__AAAAUUAUCAUG____AC ...............(((((((((.....(((.((((((((...........)))))))).)))......)))))))))........................................ (-17.93 = -16.10 + -1.83)