Structure #84663

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr17
Strand	+
Position	44,012,203 - 44,012,316
Number of sequences	6
Organisms	human, dog, mouse, rat, chicken, zebrafish, fugu
Mean pairwise identity	74.65
Columns	120
Mean single MFE	-28.62
Consensus MFE	-18.11
Combinations/base pair	25 / 24 = 1.04
SCI	0.63
z-score	-2.59
RNA class probability	0.993846

This structure is part of cluster 44330

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 6
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  74.65
 Mean single sequence MFE: -28.62
 Consensus MFE: -18.11
 Energy contribution: -19.23
 Covariance contribution:   1.11
 Mean z-score:  -2.59
 Structure conservation index:   0.63
 SVM decision value:   2.43
 SVM RNA-class probability: 0.993846
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr17/44012203-44012316
GGAGUGUUUAUGUCAACUACAUAUUCCCCUAGAUACGAAUUUGUGACCACAAAAUUCCUUACACAAAUUCGGAUCUACAGGGUAUAUACAGAAGACAGACAGAUCUUCUUGGC
((((((((..((((..((..((((.(((.(((((.((((((((((................)))))))))).)))))..))).))))..))..))))))))...))))..... ( -30.59)
>canFam1.chr9/17504082-17504195
GGAGUGUUUAUGUCAACUACAUAUUCCCCUAGAUACGAAUUUGUGACCACAAAAUUCCUUACACAAAUUCGGAUCUACAGGGUAUAUACAGAAGACAGAUAGAUCUUCUUGGC
((((.(((((((((..((..((((.(((.(((((.((((((((((................)))))))))).)))))..))).))))..))..))))..)))))))))..... ( -30.99)
>mm5.chr11/25660578-25660465
GGAGUGUUUAUGUCAACUACAUAUUCCCCUAGAUACGAAUUUGUGACCACAAAAUUCCUUACACAAAUUCGGAUCUACAGGGUAUAUACAGAAGACAGACAGGUCUUCUUGGC
...........((((.....((((.(((.(((((.((((((((((................)))))))))).)))))..))).))))..(((((((......))))))))))) ( -31.39)
>galGal2.chr7/17075778-17075890
GAAGUUUUUGCAUCGACCAUAUAUUCCCCUAGAAUCGAAUCUGUGACUAUAUGAAUAUCACACAAAUUCGGUUCUACAGGGUAUAUAUAGACAACGUAAUAACGUUCUGUUU
((((((.((((.......((((((.(((.(((((((((((.(((((.(((....))))))))...)))))))))))..))).)))))).......)))).))).)))..... ( -29.34)
>danRer1.chr3/22037227-22037112
GUAGCCUAUACAUCAACUACAUACUCCCCUAGAUACGAAUUUGUGACUGUGCGUCUGUUUACACAAAUCCGGAUCUACAGGGUAUAUAUAGAUGACAGGUUUCUUCUUGACAGGU
...((((.....(((.(((.(((..(((.(((((.((.(((((((.....((....))...))))))).)).)))))..)))..))).))).)))((((......))))..)))) ( -27.70)
>fr1.chrUn/185490933-185490832
GUCGUGUAUAAAUCCACUAUAUACUCCCCUAGAAGCGAAUUUGUGAUUGCUUUAAUGAUUUUUACACAAAUCCGGAUCUACAGGGUAGAUAUAGAAGACAG
((((((........)))(((((.((.(((((((..((.(((((((...................))))))).))..)))..)))).)))))))...))).. ( -21.71)
>consensus
GGAGUGUUUAUAUCAACUACAUAUUCCCCUAGAUACGAAUUUGUGACCAC___AAAAUUCCUUACACAAAUUCGGAUCUACAGGGUAUAUACAGAAGACAGA_AGAUCUUCUUGGC____
................((..((((.(((.(((((.((((((((((...................)))))))))).)))))..))).))))..)).......................... (-18.11 = -19.23 +   1.11)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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