Structure #84668

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr17
Strand	-
Position	44,012,203 - 44,012,316
Number of sequences	6
Organisms	human, dog, mouse, rat, chicken, zebrafish, fugu
Mean pairwise identity	74.65
Columns	120
Mean single MFE	-34.76
Consensus MFE	-33.39
Combinations/base pair	45 / 32 = 1.41
SCI	0.96
z-score	-3.8
RNA class probability	0.93996

This structure is part of cluster 44330

Alignment

[Download Clustal]

RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 6
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  74.65
 Mean single sequence MFE: -34.76
 Consensus MFE: -33.39
 Energy contribution: -32.14
 Covariance contribution:  -1.24
 Mean z-score:  -3.80
 Structure conservation index:   0.96
 SVM decision value:   1.28
 SVM RNA-class probability: 0.939960
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr17/44012316-44012203
GCCAAGAAGAUCUGUCUGUCUUCUGUAUAUACCCUGUAGAUCCGAAUUUGUGUAAGGAAUUUUGUGGUCACAAAUUCGUAUCUAGGGGAAUAUGUAGUUGACAUAAACACUCC
............(((.((((..((((((((.((((.(((((.((((((((((................)))))))))).))))))))).))))))))..))))...))).... ( -32.39)
>canFam1.chr9/17504195-17504082
GCCAAGAAGAUCUAUCUGUCUUCUGUAUAUACCCUGUAGAUCCGAAUUUGUGUAAGGAAUUUUGUGGUCACAAAUUCGUAUCUAGGGGAAUAUGUAGUUGACAUAAACACUCC
................((((..((((((((.((((.(((((.((((((((((................)))))))))).))))))))).))))))))..)))).......... ( -32.29)
>mm5.chr11/25660465-25660578
GCCAAGAAGACCUGUCUGUCUUCUGUAUAUACCCUGUAGAUCCGAAUUUGUGUAAGGAAUUUUGUGGUCACAAAUUCGUAUCUAGGGGAAUAUGUAGUUGACAUAAACACUCC
....(((((((......))))))).((((((.(((.(((((.((((((((((................)))))))))).))))).)))..))))))(((......)))..... ( -33.59)
>galGal2.chr7/17075890-17075778
AAACAGAACGUUAUUACGUUGUCUAUAUAUACCCUGUAGAACCGAAUUUGUGUGAUAUUCAUAUAGUCACAGAUUCGAUUCUAGGGGAAUAUAUGGUCGAUGCAAAAACUUC
.....(((.(((.((.(((((.((((((((.((((.(((((.((((((((((...(((....)))..)))))))))).))))))))).)))))))).))))).)).)))))) ( -39.70)
>danRer1.chr3/22037112-22037227
ACCUGUCAAGAAGAAACCUGUCAUCUAUAUAUACCCUGUAGAUCCGGAUUUGUGUAAACAGACGCACAGUCACAAAUUCGUAUCUAGGGGAGUAUGUAGUUGAUGUAUAGGCUAC
................(((((((((..((((((((((.(((((.((((((((((....).(((.....)))))))))))).))))).))).)))))))...)))).))))).... ( -40.50)
>fr1.chrUn/185490832-185490933
CUGUCUUCUAUAUCUACCCUGUAGAUCCGGAUUUGUGUAAAAAUCAUUAAAGCAAUCACAAAUUCGCUUCUAGGGGAGUAUAUAGUGGAUUUAUACACGAC
..((((.((((((((.((((.((((..((((((((((...................))))))))))..)))))))))).)))))).))))........... ( -30.11)
>consensus
____GCCAAGAAGAUCU_UCUGUCUUCUAUAUAUACCCUGUAGAUCCGAAUUUGUGUAAGGAAUUUU___GUAGUCACAAAUUCGUAUCUAGGGGAAUAUGUAGUUGACAUAAACACUCC
....................(((((.((((((((.((((.(((((.((((((((((...................)))))))))).))))))))).)))))))).))))).......... (-33.39 = -32.14 +  -1.24) 

	

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Consensus structure

Secondary structure graph

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Montain plot

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Dotplot

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