Structure #85273
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr17 |
| Strand | - |
| Position | 45,998,518 - 45,998,632 |
| Number of sequences | 5 |
| Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken |
| Mean pairwise identity | 76.94 |
| Columns | 120 |
| Mean single MFE | -40.5 |
| Consensus MFE | -23.58 |
| Combinations/base pair | 42 / 31 = 1.35 |
| SCI | 0.58 |
| z-score | -2.24 |
| RNA class probability | 0.96697 |
This structure is part of cluster 44583
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 76.94 Mean single sequence MFE: -40.50 Consensus MFE: -23.58 Energy contribution: -23.06 Covariance contribution: -0.52 Mean z-score: -2.24 Structure conservation index: 0.58 SVM decision value: 1.60 SVM RNA-class probability: 0.966970 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr17/45998632-45998518 UGGGAACAUGGCAGUAUGUCACUGUGUGAUGUUCUUCUGUUGCCAUAACGACAGGAGGAUGUGUCACCAGGUGGUGUGGAUUUGUUGUCAUGGUAAUUAAAAAGACCCCUCUC .(((..(((((((((((..((((..(((((((((((((((((......))))))))))))..)))))..))))..)))......))))))))((..........))))).... ( -37.30) >canFam1.chr9/19146931-19146817 UGGGAACAUGGCCUUAUGUCACUGUGUGAUGUUCCUCUGUUGCCAUAACAACAGGAGGAUGUGUCACCAGGUGGUGUGGAUUUGUUGCUAUGGCAAUUUAAGGGACCCCUCAC .(((.(((((((.....)))).))).....((((((..(((((((((.(((((....(((.((.((((....)))))).)))))))).)))))))))...))))))))).... ( -38.40) >mm5.chr11/27508940-27509056 UGGCAACACGGCACUAUGUCACUGUGUGAUGUUCUUCUGUUGCCAUAACAACAGAAGAAUGUGUCACCAGGUGGUGUGGAUUUGUUGCCAUGGAAACUGAAGAGACACCCCUCCCC (((((((((.(((((((....(((.(((((((((((((((((......))))))))))))..))))))))))))))).)...)))))))).(....)....(((......)))... ( -46.50) >rn3.chr10/27611144-27611258 UGGCAACAUGGCAGUAUGUCACUGUGUGAUGUUCUUCUGUUGCCAUAACAACAGGAGAAUGUGUCACCAGGUGGUGUGGAUUUGUUGCCAUGGUGAUUGAAGAGACACCCCCC ((((((((...(..(((..((((..(((((((((((((((((......))))))))))))..)))))..))))..))))...)))))))).((((.((.....)))))).... ( -43.30) >galGal2.chr3_random/635234-635351 UGGGUACGGGAGGCACAUGUUGCUAUGUGAUGUUCGGUCCGUCGCCAUGGAGAUGGUGGGGAUGUCACCAUGCAGGGCUGAUUAGUUGCCAUGGCUCUUAAAAGGCGUUUGUCCUC .........((((((.(((((((((((..((..(((((((.(((((((....)))))))(.(((....))).).)))))))...))..).)))))........))))).)).)))) ( -37.00) >consensus UGGGAACAUG_GCAGUAUGUCACUGUGUGAUGUUCU_UCUGUUGCCAUAACAACAGGAGGAUGUGUCACCAGGUGGUGUGGAUUUGUUGCCAUGGCAAUUAAAGAGACACC__CCUC___ (((.((((.......(((..((((..((((((((((.(((((((......))))))))))))..)))))..))))..)))....)))).)))............................ (-23.58 = -23.06 + -0.52)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
