Structure #85275
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr17 |
| Strand | - |
| Position | 45,998,554 - 45,998,672 |
| Number of sequences | 5 |
| Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken |
| Mean pairwise identity | 75 |
| Columns | 120 |
| Mean single MFE | -45.32 |
| Consensus MFE | -26.41 |
| Combinations/base pair | 50 / 39 = 1.28 |
| SCI | 0.58 |
| z-score | -2.76 |
| RNA class probability | 0.998761 |
This structure is part of cluster 44583
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 75.00 Mean single sequence MFE: -45.32 Consensus MFE: -26.41 Energy contribution: -27.00 Covariance contribution: 0.59 Mean z-score: -2.76 Structure conservation index: 0.58 SVM decision value: 3.22 SVM RNA-class probability: 0.998761 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr17/45998672-45998554 GGGGGGUCUUUCACCCUUCUCAGAGUAGGGCUUGUUUCCUUGGGAACAUGGCAGUAUGUCACUGUGUGAUGUUCUUCUGUUGCCAUAACGACAGGAGGAUGUGUCACCAGGUGGUGUG (((((((.....)))))))..........(((((((((....)))))).)))..(((..((((..(((((((((((((((((......))))))))))))..)))))..))))..))) ( -44.80) >canFam1.chr9/19146971-19146853 GGGGGGUCUUUCACCCUUCUCAGGGUAGGGCUCGUUUCCUUGGGAACAUGGCCUUAUGUCACUGUGUGAUGUUCCUCUGUUGCCAUAACAACAGGAGGAUGUGUCACCAGGUGGUGUG (((((((.....))))))).....((((((((.(((((....)))))..)))))))).(((((..((((..(((((((((((......))))).))))).)..))))..))))).... ( -46.90) >mm5.chr11/27508978-27509096 GGGGGGUCUUUCACCCUUUUCAGGGUGGGGCUUGUUUCCUUGGCAACACGGCACUAUGUCACUGUGUGAUGUUCUUCUGUUGCCAUAACAACAGAAGAAUGUGUCACCAGGUGGUGUG (((..(..(..((((((....))))))..)....)..)))..(((.((((((.....))).(((.(((((((((((((((((......))))))))))))..))))))))))).))). ( -47.80) >rn3.chr10/27611180-27611298 GGGGGAUCUUUCACCCUUCCCAGGGUGGGGCUUGUUUCCUUGGCAACAUGGCAGUAUGUCACUGUGUGAUGUUCUUCUGUUGCCAUAACAACAGGAGAAUGUGUCACCAGGUGGUGUG (((..((.(..((((((....))))))..)...))..)))..(((.((((((.....))).(((.(((((((((((((((((......))))))))))))..))))))))))).))). ( -46.80) >galGal2.chr3_random/635272-635363 GGCCCGUUUCCAUGGGUACGGGAGGCACAUGUUGCUAUGUGAUGUUCGGUCCGUCGCCAUGGAGAUGGUGGGGAUGUCACCAUGCAGGGCU ((((((((((((((((.(((((.(((((((((....))))).))))...)))))).))))))))))(((((.....))))).....))))) ( -40.30) >consensus GGGGGGUCUUUCACCCUUCUCAGGGUAGGGCUUGUUUCCUUGGGAACAUG_GCAGUAUGUCACUGUGUGAUGUUCU_UCUGUUGCCAUAACAACAGGAGGAUGUGUCACCAGGUGGUGUG (((((((.....)))))))..........((.((((((....))))))...))..(((..((((..((((((((((.(((((((......))))))))))))..)))))..))))..))) (-26.41 = -27.00 + 0.59)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
