Structure #88766
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr18 |
| Strand | + |
| Position | 17,545,953 - 17,546,076 |
| Number of sequences | 6 |
| Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken, zebrafish |
| Mean pairwise identity | 76.07 |
| Columns | 127 |
| Mean single MFE | -27.98 |
| Consensus MFE | -14.28 |
| Combinations/base pair | 33 / 28 = 1.18 |
| SCI | 0.51 |
| z-score | -2 |
| RNA class probability | 0.836522 |
This structure is part of cluster 46558
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 6 Slice: 1 to 127 Columns: 127 Strand: + Mean pairwise identity: 76.07 Mean single sequence MFE: -27.98 Consensus MFE: -14.28 Energy contribution: -15.64 Covariance contribution: 1.36 Mean z-score: -2.00 Structure conservation index: 0.51 SVM decision value: 0.73 SVM RNA-class probability: 0.836522 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr18/17545953-17546076 CACCCUAGUCUUUAUAAUCCAAUGCUGUUACGUUUAUUCUUCUGUGUACUCUGCUAGCAUUAUCACAAAAACCAAGAUAUGGUCCUAGUUUCUGCGAUUUUAGCACAGUGCUUAUACAGGAAG .......................................(((((((((((.((((((....(((.((.((((...(((...)))...)))).)).))).)))))).)))))....)))))).. ( -21.00) >canFam1.chr34/22795628-22795507 CACCCCAGUCUCUACAAUCCAGUGCAGUUACUUUUCUUCUUGUGUGUACUCUGCUAGCAUUAUUACAAAAACUAAGGCAAUCCUAGUUUCUGCAAUUUUAGCACAGUGCUUAUACAAGAAG ......(((..((.((......)).))..)))...(((((((((((((((.((((((....(((.((.((((((.((....)))))))).)).))).)))))).)))))..)))))))))) ( -30.10) >mm5.chr15/32072600-32072477 CACUCCAGUCUUUGCAAUCCAGUGCAGUUACUUUUCUUCUUGUGUGUACUCUGCUAGCAUUAUUACAAAAACCAAGAUAGAAUCUUAGUUCCUGCAGUUUUAGCACAGUGCUUAUACAAGAAG ......(((..(((((......)))))..)))...(((((((((((((((.((((((....(((.((..(((.(((((...))))).)))..)).))).)))))).)))))..)))))))))) ( -32.50) >rn3.chr11/80011686-80011809 CACCCCAGUCUUUGGAAUCCAGUGCAGUUACUCUUCUUCUUGUGUGUACUCUGCUAGCAUUAUUACAAAAACCAAGAUAUAAUCCUAGUUCCUGUAAUUUUAGCACAGUGCUUAUACAAGAAG .......((..((((...)))).))..........(((((((((((((((.((((((....((((((..(((...(((...)))...)))..)))))).)))))).)))))..)))))))))) ( -29.20) >galGal2.chr9/7921069-7920943 CACCCCGGUCAUUUUCGAUCCAGAGCAUCCUUUUUCUUCUUCUUGCGUGUACUCUACUAGCAUUAUUACAGAACCCAAAGCUCAGCCUCAGCUUCUGUAAUUUUAGCACAGUGCUUUGACAAGAAG ......((((......))))..................(((((((((.(((((...((((....((((((((......((((.......)))))))))))).))))...)))))..)).))))))) ( -25.70) >danRer1.chrUn/290051387-290051276 UUUCCAGCGCAGAGCCAUUGCUCUUCUUCCGCAUGAUACUCUGCUAGCAUCAUCGCAUAAACCAGGAGACCCUGGAGUCUGCAAUUUUAGCACAGUUCUUUUGAGCAGAAG .(((..((((((((....(((.........))).....))))))..........(((.(..(((((....)))))..).))).......))...((((....)))).))). ( -29.40) >consensus CACCCCAGUC_UUUACAAUCCAGUGCAG__UUACUCUUCUUCUUGUGUGUACUCUGCUAGCAUUAUUACAAAAACCAAGAUA_AAUCCUAGUUUCUGCAAUUUUAGCACAGUGCUUAU_ACAAGAAG ......................................((((((((..(((((.((((((....(((.((.((((...............)))).)).))).)))))).))))).....)))))))) (-14.28 = -15.64 + 1.36)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
