Structure #88767
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr18 |
| Strand | - |
| Position | 17,545,953 - 17,546,076 |
| Number of sequences | 6 |
| Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken, zebrafish |
| Mean pairwise identity | 76.07 |
| Columns | 127 |
| Mean single MFE | -37.93 |
| Consensus MFE | -32.45 |
| Combinations/base pair | 51 / 32 = 1.59 |
| SCI | 0.86 |
| z-score | -3.39 |
| RNA class probability | 0.973 |
This structure is part of cluster 46558
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 6 Slice: 1 to 127 Columns: 127 Strand: + Mean pairwise identity: 76.07 Mean single sequence MFE: -37.93 Consensus MFE: -32.45 Energy contribution: -31.02 Covariance contribution: -1.43 Mean z-score: -3.39 Structure conservation index: 0.86 SVM decision value: 1.70 SVM RNA-class probability: 0.973000 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr18/17546076-17545953 CUUCCUGUAUAAGCACUGUGCUAAAAUCGCAGAAACUAGGACCAUAUCUUGGUUUUUGUGAUAAUGCUAGCAGAGUACACAGAAGAAUAAACGUAACAGCAUUGGAUUAUAAAGACUAGGGUG ((((.(((....(.(((.(((((..((((((((((((((((.....)))))))))))))))).....))))).))).)))))))).............((.((((..........)))).)). ( -30.70) >canFam1.chr34/22795507-22795628 CUUCUUGUAUAAGCACUGUGCUAAAAUUGCAGAAACUAGGAUUGCCUUAGUUUUUGUAAUAAUGCUAGCAGAGUACACACAAGAAGAAAAGUAACUGCACUGGAUUGUAGAGACUGGGGUG ((((((((....(.(((.(((((..(((((((((((((((.....))))))))))))))).....))))).))).)..))))))))...(((..(((((......)))))..)))...... ( -39.20) >mm5.chr15/32072477-32072600 CUUCUUGUAUAAGCACUGUGCUAAAACUGCAGGAACUAAGAUUCUAUCUUGGUUUUUGUAAUAAUGCUAGCAGAGUACACACAAGAAGAAAAGUAACUGCACUGGAUUGCAAAGACUGGAGUG ((((((((....(.(((.(((((....(((((((((((((((...))))))))))))))).......))))).))).)..))))))))...(((...((((......))))...)))...... ( -36.50) >rn3.chr11/80011809-80011686 CUUCUUGUAUAAGCACUGUGCUAAAAUUACAGGAACUAGGAUUAUAUCUUGGUUUUUGUAAUAAUGCUAGCAGAGUACACACAAGAAGAAGAGUAACUGCACUGGAUUCCAAAGACUGGGGUG ((((((((....(.(((.(((((..(((((((((((((((((...))))))))))))))))).....))))).))).)..)))))))).................((((((.....)))))). ( -38.00) >galGal2.chr9/7920943-7921069 CUUCUUGUCAAAGCACUGUGCUAAAAUUACAGAAGCUGAGGCUGAGCUUUGGGUUCUGUAAUAAUGCUAGUAGAGUACACGCAAGAAGAAGAAAAAGGAUGCUCUGGAUCGAAAAUGACCGGGGUG ((((((((....(.(((.(((((..(((((((((.(..((((...))))..).))))))))).....))))).))).)..))))))))............(((((((.((......))))))))). ( -43.50) >danRer1.chrUn/290051276-290051387 CUUCUGCUCAAAAGAACUGUGCUAAAAUUGCAGACUCCAGGGUCUCCUGGUUUAUGCGAUGAUGCUAGCAGAGUAUCAUGCGGAAGAAGAGCAAUGGCUCUGCGCUGGAAA (((((((......(((((.(((((..((((((....(((((....)))))....)))))).....))))).))).))..))))))).(((((....))))).......... ( -39.70) >consensus CUUCUUGU_AUAAGCACUGUGCUAAAAUUGCAGAAACUAGGAUU_UAUCUUGGUUUUUGUAAUAAUGCUAGCAGAGUACACACAAGAAGAAAAGUAA__CUGCACUGGAUUGCAAA_GACUGGGGUG ((((((((.......(((.(((((..((((((((((((((((.....)))))))))))))))).....))))).)))....))))))))...................................... (-32.45 = -31.02 + -1.43)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
