Structure #89859
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr18 |
| Strand | - |
| Position | 29,015,061 - 29,015,181 |
| Number of sequences | 5 |
| Organisms | human, mouse, rat, dog, chicken |
| Mean pairwise identity | 97.32 |
| Columns | 120 |
| Mean single MFE | -29.84 |
| Consensus MFE | -28.1 |
| Combinations/base pair | 40 / 37 = 1.08 |
| SCI | 0.94 |
| z-score | -1.91 |
| RNA class probability | 0.995194 |
This structure is part of cluster 47135
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 97.32 Mean single sequence MFE: -29.84 Consensus MFE: -28.10 Energy contribution: -27.94 Covariance contribution: -0.16 Mean z-score: -1.91 Structure conservation index: 0.94 SVM decision value: 2.55 SVM RNA-class probability: 0.995194 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr18/29015181-29015061 GGCCAUAGCAAACUUACAGGAUGAAGUUCUUUAUUGUUUAUGGUUUGUGGGUUGAUGUAUUCAUGCCUUGUUUAUUUGUGAAAUGCAACAAAAAUCAGUAAGCAGGCAUGAACAGAAAUU ((((...(((((((...(.((((((....)))))).)....))))))).))))......(((((((((.((((((((((........))))......)))))))))))))))........ ( -32.50) >mm5.chr18/22403253-22403134 GGCUGUAGCAAACUUACAGGAUGAAGUUCUUUAUUGUUUAUGGUUUCUGGGUUGAUGUAUUCAUGCCUUGUUUAUUUGUGAAAUGAACAAAAAUCAGUAAGCAGGCAUGAACAGAAAUU ..((((((.....))))))((((((....))))))......((((((((..........(((((((((.((((((((((.......))))......))))))))))))))))))))))) ( -28.50) >rn3.chr18/13671052-13670933 GGUUGUAGCAAACUUACGGGAUGAAGUUCUUUAUUGUUUAUGGUUUCUGGGUUGAUGUAUUCAUGCCUUGUUUAUUUGUGAAAUGAACAAAAAUCAGUAAGCAGGCAUGAACAGAAAUU .....(((.(((((...(.((((((....)))))).)....))))))))((((..(((..((((((((.((((((((((.......))))......)))))))))))))))))..)))) ( -26.00) >canFam1.chr7/23795432-23795551 GGCCGUAGCAAACUUACAGGAUGAAGUUCUUUAUUGUUUAUGGUUUGUGGGUUGAUGUAUUCAUGCCUUGUUUAUUUGUGAAAUGAACAAAAAUCAGUAAGCAGGCAUGAACAGAAAUU ((((...(((((((...(.((((((....)))))).)....))))))).))))......(((((((((.((((((((((.......))))......)))))))))))))))........ ( -31.10) >galGal2.chr2/105995248-105995129 GGCCGUAGCAAACUUACAGGAUGAAGUUCUUUAUUGUUUAUGGUUUGUGGGUUGAUGUAUUCAUGCCUUGUUUAUUUGUGAAAUGAACAAAAAUCAGUAAGCAGGCAUGAACAAAAAUU ((((...(((((((...(.((((((....)))))).)....))))))).))))......(((((((((.((((((((((.......))))......)))))))))))))))........ ( -31.10) >consensus GGCCGUAGCAAACUUACAGGAUGAAGUUCUUUAUUGUUUAUGGUUUGUGGGUUGAUGUAUUCAUGCCUUGUUUAUUUGUGAAAUG_AACAAAAAUCAGUAAGCAGGCAUGAACAGAAAUU ((((...(((((((...(.((((((....)))))).)....))))))).))))......(((((((((.((((((((((........))))......)))))))))))))))........ (-28.10 = -27.94 + -0.16)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
