Structure #89867
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr18 |
Strand | - |
Position | 29,015,181 - 29,015,301 |
Number of sequences | 5 |
Organisms | human, mouse, rat, dog, chicken |
Mean pairwise identity | 92.92 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -28.3 |
Consensus MFE | -22.52 |
Combinations/base pair | 35 / 32 = 1.09 |
SCI | 0.8 |
z-score | -1.93 |
RNA class probability | 0.896913 |
This structure is part of cluster 47135
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 92.92 Mean single sequence MFE: -28.30 Consensus MFE: -22.52 Energy contribution: -23.32 Covariance contribution: 0.80 Mean z-score: -1.93 Structure conservation index: 0.80 SVM decision value: 0.99 SVM RNA-class probability: 0.896913 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr18/29015301-29015181 UUACUGUUGUCUGCAUUUGAGUGGUUCACAGCUGAGCACUCCUCUUGUGUAUUCAGUGACAAAUGGCAAUCACUUUAUCAUUUAUCUUAUGACAAAUAGCAGAUUCAGCCACAAACUGCU ...(((..((((((((((((((((((..(((((((((((.......))))..)))))......))..)))))))...((((.......))))))))).)))))).)))............ ( -29.60) >mm5.chr18/22403373-22403253 UUCCUGUUGCCUGCCUCUGACUAGUUCAUGGCUGAGCACUUCUCCUGUGUAUUCGGUGACAAAUGGCAAUCACUUUAUCAUUUAUCUUAUGACAAAUAGCAGAUUCAGCCACAAACUGCU ....(((.((.((..((((.(((..((((((((((((((.......))))..)))))((.(((((..((.....))..))))).)).)))))....)))))))..)))).)))....... ( -26.60) >rn3.chr18/13671172-13671052 UUCCUGUUGCCUGCCUCUGCCUAGUUCAUGGCUGAGCACUUCUCCUGUGUAUUCAGUGACAAAUGGCAAUCACUUUAUCAUUUAUCUUAUGACAAAUAGCAGAUUCAGCCACAAACUGCU ....(((.((.((..(((((.((..((((((((((((((.......))))..)))))((.(((((..((.....))..))))).)).)))))....)))))))..)))).)))....... ( -27.30) >canFam1.chr7/23795551-23795671 UUACUGUUGUCUGCAUUUGAGUGGUUCACAGCUGAGCACUCCUCUUGUGUAUUCAGUGACAAAUGGCAAUCACUUUAUCAUUUAUCUUAUGACAAAUAGCAGAUUCAGCCAUAAACUGCU ...(((..((((((((((((((((((..(((((((((((.......))))..)))))......))..)))))))...((((.......))))))))).)))))).)))............ ( -29.60) >galGal2.chr2/105995368-105995248 UUACUGUUGUCUGCGUUUGUGUGAUUCACAGCUGAACACUUCUCUUGUGUAUUCAGUGACAAAUGGCAAUCACUUUAUCAUUUAUCUUAUGACAAAUAGCAGAUUCAGCCACAAACUGCU ...(((..((((((((((((((((......(((((((((.......))))..)))))((.(((((..((.....))..))))).)))))).)))))).)))))).)))............ ( -28.40) >consensus UUACUGUUGUCUGCAUUUGAGUGGUUCACAGCUGAGCACUUCUCUUGUGUAUUCAGUGACAAAUGGCAAUCACUUUAUCAUUUAUCUUAUGACAAAUAGCAGAUUCAGCCACAAACUGCU ...(((..(((((((((((...........(((((((((.......))))..)))))((.(((((..((.....))..))))).))......))))).)))))).)))............ (-22.52 = -23.32 + 0.80)