Structure #93514
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr19 |
Strand | + |
Position | 7,849,668 - 7,849,786 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, dog, mouse, rat |
Mean pairwise identity | 77.62 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -62.02 |
Consensus MFE | -40.71 |
Combinations/base pair | 40 / 37 = 1.08 |
SCI | 0.66 |
z-score | -3.49 |
RNA class probability | 0.999853 |
This structure is part of cluster 49158
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 77.62 Mean single sequence MFE: -62.03 Consensus MFE: -40.71 Energy contribution: -44.15 Covariance contribution: 3.44 Mean z-score: -3.49 Structure conservation index: 0.66 SVM decision value: 4.26 SVM RNA-class probability: 0.999853 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr19/7849668-7849786 GGAGACCUGAACCUCAGUCCAGCCCUACAGGCUCCAGGCCUGCAGGGAAGGAGGGUAAUGGGGAGGCAGGGCCCAGCCCCCCAGUUUGGGGAAACAGCUGAGGGAAGGCCCCCCUCAA .....(((..((((...(((..((((.(((((.....))))).))))..)))))))...)))((((..(((((...(((..((((....(....).)))).)))..))))).)))).. ( -54.80) >canFam1.chr??/146-261 GGAGACCUUGAGCCUCAGUCCAGCCCAGCAGGCUCCAGGCCUGUGGGGAGCUGGGGGGGAGGGGGAGGCAGGGCCCACCCCCACGUUGGAGAGGCUGAGGGAAGGCCCCCCUGGA .....((((.((((((...(((((((.((((((.....))))))..)).)))))(((((.(((..........))).)))))........)))))).)))).(((....)))... ( -59.10) >mm5.chr4/134426398-134426506 GGGGCCCUUGAACCUCAAUCCAGCCCUGCAGGCUCCAGGCCUGCAAGGAAGGGCCAUGGGGAGGCAGGGUCCAGCCCCUCUCGGGGAGGGGCUGAGGGGAGGCCCCGA ((((((......((((......(((((((...((((((((((........))))).)))))..))))))).(((((((((.....))))))))).)))).)))))).. ( -68.50) >rn3.chr??/158-266 GGCCCUUGAACCUCAAUCCAGCCCUGCAGGCUCCAGGCCUGCAAGAAAGGGCCAUGGGGAGGCAGGGCCCAGCCCCUCUGUGGGGAGGGGCUGAGGGGAGGCCCCUGA ((((((....((((...((((((((((((((.....)))))).....)))))..))).)))).))))))((((((((((....))))))))))(((((...))))).. ( -65.70) >consensus GGAGACCUUGAACCUCAAUCCAGCCCUGCAGGCUCCAGGCCUGCAAGGA____AGGGCCAUGGGGAGGCAGGGCCCAGCCCCUC_GU___GGGGAGGGGCUGAGGGAAGGCCCC___CGA ((.(.((((...(((((((((.(((((((...((((((((((............))))).)))))..)))))))....((((........))))..))))))))).)))))))....... (-40.71 = -44.15 + 3.44)