Structure #93519
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr19 |
Strand | + |
Position | 7,849,707 - 7,849,826 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, dog, mouse, rat |
Mean pairwise identity | 71.39 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -60.13 |
Consensus MFE | -32.79 |
Combinations/base pair | 38 / 34 = 1.12 |
SCI | 0.55 |
z-score | -2.96 |
RNA class probability | 0.999642 |
This structure is part of cluster 49158
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 71.39 Mean single sequence MFE: -60.13 Consensus MFE: -32.79 Energy contribution: -35.80 Covariance contribution: 3.00 Mean z-score: -2.96 Structure conservation index: 0.55 SVM decision value: 3.82 SVM RNA-class probability: 0.999642 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr19/7849707-7849826 CUGCAGGGAAGGAGGGUAAUGGGGAGGCAGGGCCCAGCCCCCCAGUUUGGGGAAACAGCUGAGGGAAGGCCCCCCUCAAAAGGCUCCACCUCCUCACCAGCACUCCUGCCCAGGGACAG ((((.(((.(((((.((..((((((((..(((((.....((((.....)))).......((((((.......))))))...)))))..))))))))...)).))))).)))...).))) ( -55.20) >canFam1.chr??/186-299 CUGUGGGGAGCUGGGGGGGAGGGGGAGGCAGGGCCCACCCCCACGUUGGAGAGGCUGAGGGAAGGCCCCCCUGGAAGGACUGCCCCCUCCCCAACACCCCUGCCGAGGGACAG ..(..(((.(.((..((((((((((((...(((((..(((.((.(((.....))))).)))..))))).((.....)).)).))))))))))..))))))..).......... ( -57.60) >mm5.chr4/134426438-134426546 CUGCAAGGAAGGGCCAUGGGGAGGCAGGGUCCAGCCCCUCUCGGGGAGGGGCUGAGGGGAGGCCCCGAGGGACUCUACCUCCUCACUGGCCAGCCUGUCCUGGAGCAG ((((.((((..(((((((((((((.(((((((((((((((.....))))))))..((((...))))...))))))).)))))))).)))))......))))...)))) ( -68.80) >rn3.chr??/196-306 CUGCAAGAAAGGGCCAUGGGGAGGCAGGGCCCAGCCCCUCUGUGGGGAGGGGCUGAGGGGAGGCCCCUGAGGGACUCUACCUCCUCACUGACCAGCCUGCCCAGCAGCAG ((((......((((((((((((((.((((((((((((((((....))))))))).(((((...)))))..))).)))).)))))))).))....)))).....))))... ( -58.90) >consensus CUGCAAGGA____AGGGCCAUGGGGAGGCAGGGCCCAGCCCCUC_GU___GGGGAGGGGCUGAGGGAAGGCCCC___CGAAGGACUCUACCUCCUCACCAACAAGCCUGCCCAGGAACAG ((((..........((((..((((((((.(((((((((((((((.........))))))))).(((....))).........)))))).)))))))).......))))........)))) (-32.79 = -35.80 + 3.00)