Structure #93520
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr19 |
Strand | - |
Position | 7,849,707 - 7,849,826 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, dog, mouse, rat |
Mean pairwise identity | 71.39 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -60.48 |
Consensus MFE | -43.25 |
Combinations/base pair | 61 / 42 = 1.45 |
SCI | 0.72 |
z-score | -3.37 |
RNA class probability | 0.999989 |
This structure is part of cluster 49158
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 71.39 Mean single sequence MFE: -60.47 Consensus MFE: -43.25 Energy contribution: -45.00 Covariance contribution: 1.75 Mean z-score: -3.37 Structure conservation index: 0.72 SVM decision value: 5.54 SVM RNA-class probability: 0.999989 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr19/7849826-7849707 CUGUCCCUGGGCAGGAGUGCUGGUGAGGAGGUGGAGCCUUUUGAGGGGGGCCUUCCCUCAGCUGUUUCCCCAAACUGGGGGGCUGGGCCCUGCCUCCCCAUUACCCUCCUUCCCUGCAG ((((....(((.(((((.(.(((((.(((((..(.((((.((((((((.....))))))))..((..(((......)))..)).)))).)..))))).))))).)))))).))).)))) ( -60.20) >canFam1.chr??/299-186 CUGUCCCUCGGCAGGGGUGUUGGGGAGGGGGCAGUCCUUCCAGGGGGGCCUUCCCUCAGCCUCUCCAACGUGGGGGUGGGCCCUGCCUCCCCCUCCCCCCCAGCUCCCCACAG .((((....))))((((.(((((((((((((.((.((.....))(((((((.((((((............)))))).)))))))..))))))))))))...))).)))).... ( -61.50) >mm5.chr4/134426546-134426438 CUGCUCCAGGACAGGCUGGCCAGUGAGGAGGUAGAGUCCCUCGGGGCCUCCCCUCAGCCCCUCCCCGAGAGGGGCUGGACCCUGCCUCCCCAUGGCCCUUCCUUGCAG ((((...((((.(((...((((.((.((((((((.((((...((((...))))..((((((((.....)))))))))))).)))))))).))))))))))))).)))) ( -61.90) >rn3.chr??/306-196 CUGCUGCUGGGCAGGCUGGUCAGUGAGGAGGUAGAGUCCCUCAGGGGCCUCCCCUCAGCCCCUCCCCACAGAGGGGCUGGGCCCUGCCUCCCCAUGGCCCUUUCUUGCAG ...((((.(((.(((..(((((.((.((((((((.((((...(((((...))))).((((((((......)))))))))))).)))))))).))))))))))))).)))) ( -58.30) >consensus CUGCCCCUGGGCAGGCGGGCCAGUGAGGAGGUAGAGUCCCUCG___GGGGCCUCCCCUCAGCCCCUCCCC___AC_GAGGGGCUGGGCCCUGCCUCCCCAUGGCCCU____UCCCUGCAG ((((....(((...((((((((.((.((((((((.((((......(((((....)))))((((((((.........)))))))))))).)))))))).))))))))))...)))..)))) (-43.25 = -45.00 + 1.75)