Structure #94864
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr19 |
| Strand | - |
| Position | 37,091,436 - 37,091,556 |
| Number of sequences | 5 |
| Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken |
| Mean pairwise identity | 87.17 |
| Columns | 120 |
| Mean single MFE | -37.36 |
| Consensus MFE | -32.98 |
| Combinations/base pair | 50 / 40 = 1.25 |
| SCI | 0.88 |
| z-score | -1.72 |
| RNA class probability | 0.900379 |
This structure is part of cluster 49886
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 87.17 Mean single sequence MFE: -37.36 Consensus MFE: -32.98 Energy contribution: -32.82 Covariance contribution: -0.16 Mean z-score: -1.72 Structure conservation index: 0.88 SVM decision value: 1.01 SVM RNA-class probability: 0.900379 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr19/37091556-37091436 CAGGAAGUGUGUGGUUGUGGGGACCCUCUGGUCUCCUUAGAACUUUACUACUGUUGUUAUAGCUUAUCAGGACACGGCCCACCUUCUGUUGGUCUCUUGAAAAUGGCUGUAAUUCUCAUC (((..((((...((((.((((((((....)))))))..).)))).)))).)))..(((((((((..((((((...((((.((.....)).))))))))))....)))))))))....... ( -37.10) >canFam1.chr1/2778689-2778807 AGGGAAGUGUGUGGUUGUGGGGACCCUCCGGUCUCCUUAGAACUUUACUACUGUUGUUAUGGCCGAUCAGGACACGGCCUGCCUUCUGUUGGUCUCUUGAAAACGGCUGAUUCCCAUC .((((((((((.((((.((((((((....)))))))..).)))).))).)))........(((((.((((((...((((.((.....)).))))))))))...)))))...))))... ( -41.80) >mm5.chr7/108444927-108445047 CGGGAAGUGUGUGGUUGUGGGGACCCUCCGGUCUCCUUAGAACUUUACAACUGUUGUUACAGCUUAUCAGGACACAGCCCGCCUUCUGUUGGUCUCUUGAAAACUGCUGUAAUUCCCAUC .((((((((((.((((.((((((((....)))))))..).)))).))).)))...((((((((...((((((..((((.........))))...)))))).....))))))))))))... ( -41.10) >rn3.chr1_random/1749415-1749295 CGGGAAGUGUGUGGUUGUGGGGACCCUCCGGUCUCCUUAGAACUUUACAACUGUUGUUACAGCUUAUCAGGACAUAGCCUGCCUUCUGUUGGUCUCUUGAAAACUGCUGUAAUUCCCAUC .((((((((((.((((.((((((((....)))))))..).)))).))).)))...((((((((...((((((....(((.((.....)).))).)))))).....))))))))))))... ( -41.10) >galGal2.chr11/9743352-9743232 AGAGAAGUUUUUAGUUUUGGAAAUGCUCUAGUCUCCUUAGGUCUUUACUACUGGUGUUAUAGCUGAUUAGGACCCUGCCAGCCUUCUGUUGGUCUCUUGAAAACUGCUGUAAUUCUCAUU .(((((....(((((.....(((.((.((((.....)))))).)))...)))))..(((((((...((((((....((((((.....)))))).)))))).....))))))))))))... ( -25.70) >consensus CGGGAAGUGUGUGGUUGUGGGGACCCUCCGGUCUCCUUAGAACUUUACUACUGUUGUUAUAGCUUAUCAGGACACAGCCCGCCUUCUGUUGGUCUCUUGAAAACUGCUGUAAUUCCCAUC .((((((((((.((((..(((((((....)))))))....)))).))).)))...((((((((...((((((....(((.((.....)).))).)))))).....))))))))))))... (-32.98 = -32.82 + -0.16)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
