Structure #97436
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr2 |
| Strand | - |
| Position | 10,537,433 - 10,537,573 |
| Number of sequences | 4 |
| Organisms | human, dog, mouse, rat |
| Mean pairwise identity | 86.31 |
| Columns | 140 |
| Mean single MFE | -55.35 |
| Consensus MFE | -45.22 |
| Combinations/base pair | 53 / 42 = 1.26 |
| SCI | 0.82 |
| z-score | -2.07 |
| RNA class probability | 0.916609 |
This structure is part of cluster 51115
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 140 Columns: 140 Strand: + Mean pairwise identity: 86.31 Mean single sequence MFE: -55.35 Consensus MFE: -45.22 Energy contribution: -45.35 Covariance contribution: 0.13 Mean z-score: -2.07 Structure conservation index: 0.82 SVM decision value: 1.11 SVM RNA-class probability: 0.916609 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr2/10537573-10537433 GCAUGGGUUUGGAUUUAUGACAGGCCCGUCACCCUGGGCCUGUCAUAGUACCCCAUGCCAGAGCAAACUGUGUCCCCGAACCAUUGCCUGGCCUCUGUGCCCGUAGGCUGCUGGCACUGAAGUGGGUUGCACAGUGGAAA (((((((...(...((((((((((((((......))))))))))))))..))))))))........(((((((.((((...((.((((.(((((.((....)).)))))...)))).))...))))..)))))))..... ( -64.80) >canFam1.chr17/137-0 GCAUGGGUUUGGAUUUAUGGCAGGCUCGUCCCCCUGGGCCUCUCAUAGUGUCCCAUGCCAGAGCAAACCAUGGCCCCGAACCAUUGCCUGGCCUCUGCCGUAGGCUGCAGGCACUGAAGUGGGUCGCACAGUGGAAA (((((((.......((((((.(((((((......))))))).))))))...))))))).........((((.((((((...((.(((((((((((....).))))..)))))).))...))))..))...))))... ( -53.90) >mm5.chr12/97397685-97397825 GCAUGGAUUUGGAUUUAUGGCAGGCUCUUCCCCGUGGGCCUCUCAUAGUGUCCCAUGCUAGAGCAAAUUGUGGCUCCUAACCAUUGCCCAGCCUCCGUGCCUGUAGGCUGCAGGCACUGAAGUGGGUCACACAACGGAAA ((((((.....(((((((((.((((((........)))))).)))))).)))))))))..((((........))))....((.(((((((.(.((.((((((((.....)))))))).)).))))).....))).))... ( -51.50) >rn3.chr6/106329221-106329359 GCAUGGAUUUGGAUUUAUGACAGGCUCAUCCCCGUGGGCCUCUCAUAGUGUCCCGUGCUAGAGCAAACUGGCUCCUAACCAUUGCCCAGCCUUGGUGCAUGUAGGCUGCUGGCACUGAAGUGGGUCACACAAUGGAAA ((((((.....(((((((((.((((((((....)))))))).)))))).)))))))))..((((......))))....((((((((((((((..........))))))..)))......(((.....))))))))... ( -51.20) >consensus GCAUGGAUUUGGAUUUAUGACAGGCUCGUCCCCCUGGGCCUCUCAUAGUGUCCCAUGCCAGAGCAAACUGUGGCCCCGAACCAUUGCCCAGCCUCUGUGCCCGUAGGCUGCAGGCACUGAAGUGGGUCACACAAUGGAAA (((((((.......((((((.(((((((......))))))).))))))...)))))))..........((((((((.....((.((((((((((.((....)).))))))..)))).))....))))))))......... (-45.22 = -45.35 + 0.13)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
