Structure #97473

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr2
Strand	-
Position	11,606,367 - 11,606,486
Number of sequences	4
Organisms	human, mouse, rat, dog
Mean pairwise identity	80.87
Columns	120
Mean single MFE	-50.78
Consensus MFE	-37.35
Combinations/base pair	52 / 38 = 1.37
SCI	0.74
z-score	-3.47
RNA class probability	0.999393

This structure is part of cluster 51137

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  80.87
 Mean single sequence MFE: -50.78
 Consensus MFE: -37.35
 Energy contribution: -36.48
 Covariance contribution:  -0.87
 Mean z-score:  -3.47
 Structure conservation index:   0.74
 SVM decision value:   3.56
 SVM RNA-class probability: 0.999393
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr2/11606486-11606367
AUAUGCUGUCACCUCCUGUUCCCGGAGGAGGGGCUGAUGAAGGAUCACUCUGGCCUGAGAACAUCUGCUCUGCCCUUUUAGGCAGCAUUCCUCCUGGGAGACACAGGAGGGGACGGGGU
..((.(((((.(((((((((((((((((((((((.((((.(((.((.....))))).....)))).))))((((......))))...))))))).))))...)))))))).))))).)) ( -57.20)
>mm5.chr12/98167551-98167669
GUAUGCUGUCACCUUCUGUUCUCAGAAGAGGGCUAGUGAGUGAUCACUCUGGCCACAGAACAUUUGCCUGGUCCUUUCAGACAGACUCCCUCCUGGGAGACACAGGAAGUGACAGGAA
...(.(((((((.((((((.(((....)))(((((((((....)))))..))))))))))......(((((((......)))...(((((....)))))...))))..))))))).). ( -47.50)
>rn3.chr6/107191661-107191778
GUAUGCUGUCACCUUCUGUUCCCAGAAGAAGGCAAGUGAGUGAUCACUCUGGCCACAGAACAUUUGCCUGGUCCUUUCGACAGAAUCCUUCCUGGGAGACACAGGAGGAGACAGGGA
...(.(((((.(((((((((((((((((.((((((((((....))))((((....))))....)))))).(((.....)))......))).))))))...)))))))).))))).). ( -50.70)
>canFam1.chr17/11168365-11168245
AUGUGCUGUCACCUCCUGUUCCCAGAGGAGGGGCUGAUGAAUGAUCACUCUGCCCAGAGAACAUCUGCUCCGUCCUCUUAGGCAGCAUUCCUCUCGGGGAGACACAGGAGGGGUUGGUGA
....((((...(((((((((((((((((((((((.(((((....))).)).))))..........((((((.........)).))))))))))).))))....))))))))...)))).. ( -47.70)
>consensus
AUAUGCUGUCACCUCCUGUUCCCAGAAGAGGG_CUAAUGAAUGAUCACUCUGGCCACAGAACAUCUGCCCGGUCCUUUCAGACAGAAUCCCUC_CUGGGAGACACAGGAGGGGACAGGGA
.....(((((.(((((((((((((((((.(((((.((((.(((..(.....)..)))....)))).)))))(((......)))......))))..)))))...)))))))).)))))... (-37.35 = -36.48 +  -0.87) 

	

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Consensus structure

Secondary structure graph

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Montain plot

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Dotplot

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