Structure #112182
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr2 |
Strand | + |
Position | 207,070,241 - 207,070,359 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 79.42 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -35.33 |
Consensus MFE | -25.22 |
Combinations/base pair | 37 / 28 = 1.32 |
SCI | 0.71 |
z-score | -2.85 |
RNA class probability | 0.99811 |
This structure is part of cluster 59450
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 79.42 Mean single sequence MFE: -35.33 Consensus MFE: -25.22 Energy contribution: -24.91 Covariance contribution: -0.31 Mean z-score: -2.85 Structure conservation index: 0.71 SVM decision value: 3.01 SVM RNA-class probability: 0.998110 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr2/207070241-207070359 UCCACUCUGAAAACUUAUUUGUGCUAUCAAAACAUUGUCAAGAAUCUAGAUAGCUAGAGCCAGAUUUCUGGCAUUCAUGCCAGAUGCCAGAAGAUCUUUAGCUACUGACUAUCACUGG .(((.(((((.......((((......))))......)).))).....(((((.((((((.((((((((((((((.......)))))))).))))))...))).))).)))))..))) ( -30.32) >mm5.chr1/63788683-63788802 UCUACUCUGAAUUUUAUUUGUAGCAUCAAAGCAUUAAGCUAAGCACCUAGACAGCUAGGGCCAGAUUUCUGGCACCCAUGCCAGAUGCCACAGGGUCUUUGGCUAAUGACUGUCAUUGG ......(..((.....(((((.(((((..(((.....)))..((((((((....)))))(((((....))))).....)))..))))).)))))...))..)((((((.....)))))) ( -35.30) >rn3.chr9/62206755-62206874 UCUACUCUGAAUUUUAUUUGUAGCAUCAAAGCAUGAAGUUAAGCAUCUAGACAGCUAGGGCCAGAUUUCUGGCCCCCAUGCCAGAUGCCACAGGGUCUUUGGCUAAUGACUGUCAUUGA ...((((((...........((((.(((.....))).)))).((((((.(.((....(((((((....)))))))...))).))))))..))))))(..((((........))))..). ( -37.80) >canFam1.chr37/17919539-17919657 UCCACGCUGAAAACUUACUUGUGGCAUCAUAGCAUUAAGUCAAGAAUUUAGAUAGCUGGAGCCAAAUUUCUGGCAUUCAUAUCAAAUGCCAGAGAGCCUUUGGCCACUGGUUAUCAUC .............((((((((..((......))..))))).)))......((((((..(.(((((((((((((((((.......)))))))))))...))))))..)..))))))... ( -37.90) >consensus UCCACUCUG_AAACUUAUUUGUAGCAUCAAAGCAUUAAGUCAAGAAUCUAGACAGCUAGAGCCAGAUUUCUGGCACCCAUGCCAGAUGCCACAGGGUCUUUGGCUAAUGACUAUCAUUGG .((((...............))))..........................((((((...((((((((((((((((((.......)))))))))))...)))))))...).)))))..... (-25.22 = -24.91 + -0.31)