Structure #112185
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr2 |
Strand | - |
Position | 207,070,241 - 207,070,359 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 79.42 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -37.11 |
Consensus MFE | -23.28 |
Combinations/base pair | 40 / 30 = 1.33 |
SCI | 0.63 |
z-score | -2.82 |
RNA class probability | 0.994358 |
This structure is part of cluster 59450
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 79.42 Mean single sequence MFE: -37.12 Consensus MFE: -23.28 Energy contribution: -23.53 Covariance contribution: 0.25 Mean z-score: -2.82 Structure conservation index: 0.63 SVM decision value: 2.47 SVM RNA-class probability: 0.994358 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr2/207070359-207070241 CCAGUGAUAGUCAGUAGCUAAAGAUCUUCUGGCAUCUGGCAUGAAUGCCAGAAAUCUGGCUCUAGCUAUCUAGAUUCUUGACAAUGUUUUGAUAGCACAAAUAAGUUUUCAGAGUGGA ((...(((((..((.((((..((((.((((((((((......).)))))))))))))))))))..)))))...(((((.((.(((..((((......))))...))).))))))))). ( -36.50) >mm5.chr1/63788802-63788683 CCAAUGACAGUCAUUAGCCAAAGACCCUGUGGCAUCUGGCAUGGGUGCCAGAAAUCUGGCCCUAGCUGUCUAGGUGCUUAGCUUAAUGCUUUGAUGCUACAAAUAAAAUUCAGAGUAGA .....((((((.....((((.(..((....))..).)))).((((.(((((....)))))))))))))))(((((.....))))).((((((((...............)))))))).. ( -37.46) >rn3.chr9/62206874-62206755 UCAAUGACAGUCAUUAGCCAAAGACCCUGUGGCAUCUGGCAUGGGGGCCAGAAAUCUGGCCCUAGCUGUCUAGAUGCUUAACUUCAUGCUUUGAUGCUACAAAUAAAAUUCAGAGUAGA ....(((..(((..........)))..(((((((((.((((((((((((((....))))))))(((.........)))......))))))..)))))))))........)))....... ( -41.30) >canFam1.chr37/17919657-17919539 GAUGAUAACCAGUGGCCAAAGGCUCUCUGGCAUUUGAUAUGAAUGCCAGAAAUUUGGCUCCAGCUAUCUAAAUUCUUGACUUAAUGCUAUGAUGCCACAAGUAAGUUUUCAGCGUGGA ........((((..((((((.....((((((((((.....))))))))))..))))))..).(((....(((((....((((...((......))...)))).)))))..))).))). ( -33.20) >consensus CCAAUGACAGUCAGUAGCCAAAGACCCUCUGGCAUCUGGCAUGAAUGCCAGAAAUCUGGCCCUAGCUAUCUAGAUGCUUAACUUAAUGCUUUGAUGCCACAAAUAAAAUU_CAGAGUAGA .............((((((((((.......(((((((((((((((.(((((....)))))))))..)))).)))))))..........)))))..))))).................... (-23.28 = -23.53 + 0.25)