Structure #112189

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr2
Strand	+
Position	207,070,279 - 207,070,399
Number of sequences	4
Organisms	human, mouse, rat, dog
Mean pairwise identity	79.05
Columns	120
Mean single MFE	-39.78
Consensus MFE	-28.71
Combinations/base pair	55 / 40 = 1.38
SCI	0.72
z-score	-3.04
RNA class probability	0.999276

This structure is part of cluster 59450

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  79.05
 Mean single sequence MFE: -39.77
 Consensus MFE: -28.71
 Energy contribution: -29.77
 Covariance contribution:   1.06
 Mean z-score:  -3.04
 Structure conservation index:   0.72
 SVM decision value:   3.48
 SVM RNA-class probability: 0.999276
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr2/207070279-207070399
CAAGAAUCUAGAUAGCUAGAGCCAGAUUUCUGGCAUUCAUGCCAGAUGCCAGAAGAUCUUUAGCUACUGACUAUCACUGGAGAGUCUUUAGGUCAGUAUAAGUGAGAAGAUAAUCUUAUU
...((.(((((((((((((((.....(((((((((((.......)))))))))))..)))))))))..((((.((....)).))))))))))))......(((((((......))))))) ( -35.90)
>mm5.chr1/63788722-63788838
UAAGCACCUAGACAGCUAGGGCCAGAUUUCUGGCACCCAUGCCAGAUGCCACAGGGUCUUUGGCUAAUGACUGUCAUUGGAAAGUGGUUAGGUCAGUGUGAGAAGGUAGUCUCAUU
......(((((....)))))(((((....)))))......((((((.(((....))).))))))...(((((.(((((....)))))...)))))..((((((......)))))). ( -41.60)
>rn3.chr9/62206794-62206910
UAAGCAUCUAGACAGCUAGGGCCAGAUUUCUGGCCCCCAUGCCAGAUGCCACAGGGUCUUUGGCUAAUGACUGUCAUUGAAAAGUGGUUAGGUCAGUGUGAGAAGGUAGUCUCAUU
.........((((.(((.(((((((....))))))).(((((((((.(((....))).))))))...(((((.(((((....)))))...)))))..)))....))).)))).... ( -42.70)
>canFam1.chr37/17919579-17919695
CAAGAAUUUAGAUAGCUGGAGCCAAAUUUCUGGCAUUCAUAUCAAAUGCCAGAGAGCCUUUGGCCACUGGUUAUCAUCAGUCUUCAGGUCAGUGUAAGUGAGAAGGCAGUUUUAUU
..((((((..((((((..(.(((((((((((((((((.......)))))))))))...))))))..)..))))))....((((((...(((.......)))))))))))))))... ( -38.90)
>consensus
CAAGAAUCUAGACAGCUAGAGCCAGAUUUCUGGCACCCAUGCCAGAUGCCACAGGGUCUUUGGCUAAUGACUAUCAUUGGAAAGUCGUUAGGUCAGU____GUGAGAAGGUAGUCUCAUU
......(((((....)))))(((((((((((((((((.......)))))))))))...))))))((((((((..((((....))))....))))))))...((((((......)))))). (-28.71 = -29.77 +   1.06)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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