Structure #115247
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr20 |
Strand | + |
Position | 1,222,171 - 1,222,289 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 76.85 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -52.35 |
Consensus MFE | -32.74 |
Combinations/base pair | 40 / 32 = 1.25 |
SCI | 0.63 |
z-score | -2.65 |
RNA class probability | 0.996605 |
This structure is part of cluster 61099
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 76.85 Mean single sequence MFE: -52.35 Consensus MFE: -32.74 Energy contribution: -33.55 Covariance contribution: 0.81 Mean z-score: -2.65 Structure conservation index: 0.63 SVM decision value: 2.72 SVM RNA-class probability: 0.996605 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr20/1222171-1222289 UUGCUAGGGCCUAGAAGGGAGGGAGGACCUGAGAGAGCACAGGAUGCACACUGAGUUUUCUGAGUAGGAUCCUGAGAGGUGGCUCCCUUUGGGCCUGGGUGGCUUCUGCCCUCCCAUG ......(((((((((.(((((...((((((((((((((.(((........))).)))))))...)))).)))(....)....))))))))))))))(((.(((....)))..)))... ( -50.00) >mm5.chr2/30019317-30019198 UCUCUCGGGCUAUGAUGAGAGGGAGGAGUUAAGAAGACACAGGACACUCACUGGGGCCUCUGAGCAGGAUCCUGAAGAGGAGGCACCCUAUGGGACUGGGUGGCUUCUGCCUUCCCAAG (((((((.....))).))))((((((.((..(((((.(((.((...((((..(((((((((...(((....)))....)))))).)))..)))).))..))).)))))))))))))... ( -50.50) >rn3.chr3/29130255-29130136 UCUCUGGGGCUAUGAUGAGAGGGAGGAGUUGAGAGGACGCAGGACACACACUGGGGCCUCUGGGCAGGAUCCUGAAGAAGAGGUACCCUGUGGGCCUGGGUGGCUUCUGCCUUCCCAAG ((((............))))((((((.((..(((((((.((((.(...(((.(((((((((...(((....)))....)))))).))).))).))))).))..)))))))))))))... ( -49.60) >canFam1.chr24/28101002-28100891 UCUCUGGGGCCCGGAGAGGGAGGGAGGACUUGAGAGGGCACACCCAGGCUUCUGAGUAGGAUCCUGGAGAGGUGGCUCCCUUUGAGCCUGGGUGGCUUCUGUCCUCCCCUU (((((((...)))))))(((.((((((((...(((((.(.(((((((((((..(((..((..(((....)))...))..))).)))))))))))))))))))))))))))) ( -59.30) >consensus UCUCUGGGGCCAUGA_AGAGAGGGAGGACUUGAGAGGACACAGGACACACACUGAGGCCUCUGAGCAGGAUCCUGAAGAGGAGGCACCCUUUGGGCCUGGGUGGCUUCUGCCCUCCCAAG .................((((((((((((((.(((((.(.(((........))).).))))).)))....)))).....((((((..(((........)))..)))))).)))))))... (-32.74 = -33.55 + 0.81)