Structure #115652
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr20 |
Strand | + |
Position | 6,772,104 - 6,772,223 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 78.44 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -36.86 |
Consensus MFE | -32.25 |
Combinations/base pair | 53 / 39 = 1.36 |
SCI | 0.88 |
z-score | -2.24 |
RNA class probability | 0.992374 |
This structure is part of cluster 61291
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 78.44 Mean single sequence MFE: -36.86 Consensus MFE: -32.25 Energy contribution: -32.62 Covariance contribution: 0.38 Mean z-score: -2.24 Structure conservation index: 0.88 SVM decision value: 2.32 SVM RNA-class probability: 0.992374 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr20/6772104-6772223 UUUCUGCCUAUGUUUUAAUUCAAUAAGUGUUUAUUGUGCUUAGGGCAAAGAAGGGCUCCAGUUUUGUGUGCUGUGAACUGCAAAGCUGGAGCCCUCUGGAGAAUUCAGUUCCUGCCAUG .......................((((..(.....)..)))).((((.(((.(((((((((((((((((.......)).))))))))))))))))))((((.......))))))))... ( -41.90) >mm5.chr2/133374895-133375015 CUUCUGCCUGAGCUUUAAUUCACUUAGCAUUUAUUGUGGUCAGGGCAAGGAAGGGUUCCAGUUUUGUGUGCUAAGGAAUCGCAAUGCUGGGAUCCUCUGCAGAGUUUAGUUGCUGCUGUC ....(((((..(((.((((.............)))).)))..))))).(((.((((((((((.(((((..(....)...))))).)))))))))))))(((((((......))).)))). ( -38.22) >rn3.chr3/121359321-121359438 CUUCUGUUUGAGCUUUAAUUCACUUAGCAUUUAUUGUGGUCAGGGCAAGGAAGGCUUCCAGUUUUGUGUGCUAAGGAACUGCAGUGCUGGGAUCCUUUGCAGAGUUUUGCUGCUGAA .((((((....(((((...((((............))))..)))))...(((((.(((((((.((((((........)).)))).))))))).)))))))))))............. ( -30.70) >canFam1.chr24/32572396-32572278 UUUCUGCCUAUGUUUUAAUUCAGUAAGUAUUUAUUGUGCUUAGAGCAAAGAAGGGCUCUAGUUUUGUGUGCUAUAAACCACAAAUCUGGAGCCCUCUGCAACUUUAGUUCCUGUUGUG ..........((((((((..((((((....))))))...)))))))).(((.(((((((((.((((((.(.......))))))).))))))))))))(((((..........))))). ( -36.60) >consensus CUUCUGCCUAAGCUUUAAUUCACUAAGCAUUUAUUGUGCUCAGGGCAAAGAAGGGCUCCAGUUUUGUGUGCU_AGGAACCGCAAAGCUGGAACCCUCUGCAGAGUUUAGUUCCUGCUGUG .((((((....(((((((((((((........)))).)))))))))..(((.(((((((((((((((((........)).))))))))))))))))))))))))................ (-32.25 = -32.62 + 0.38)