Structure #116610

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr20
Strand	-
Position	17,891,375 - 17,891,490
Number of sequences	4
Organisms	human, mouse, rat, dog
Mean pairwise identity	81.77
Columns	120
Mean single MFE	-43.7
Consensus MFE	-32.46
Combinations/base pair	50 / 38 = 1.32
SCI	0.74
z-score	-1.96
RNA class probability	0.878526

This structure is part of cluster 61845

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  81.77
 Mean single sequence MFE: -43.70
 Consensus MFE: -32.46
 Energy contribution: -32.39
 Covariance contribution:  -0.06
 Mean z-score:  -1.96
 Structure conservation index:   0.74
 SVM decision value:   0.90
 SVM RNA-class probability: 0.878526
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr20/17891490-17891375
AAAAUGCCCUGCAGUCUGCAGUGUUCUACUGUGAACUGCUUGUGUGUUGGCAGGCUACCGGUAAGAAUGGUUGGUGUCAGCAGGGACGGGGCCCUCUGAGACCCAUCUCACAAAG
....((((..(((((..((((((...))))))..)))))..((.((....)).))....)))).....(((.(((.((((.((((......)))))))).))).)))........ ( -39.30)
>mm5.chr2/144018098-144017980
ACCAGCCCUGCUCUCUGCAGUGUUCUAUUGUGGAUUGCUUGUGUGCUGGCAGGCUACUACUGGUAAGAAUGGCUAGUGUCAGCAGGGAUGGCUCCUCUCUGGGUUCCAUCUCACCAAG
.(((((((.((..((..(((((...)))))..))..))..).).)))))...(((..(((((((.......)))))))..))).(((((((..(((....)))..)))))))...... ( -42.00)
>rn3.chr3/132698935-132698816
UCCAACCCUGCAAUCUGCAGUGUUCUACUGUGGAUUGCUUGUGUGUUGGCAGACUACUACUGGUAAGAAUGGCUAGUGUCGGCAGGGAUGGCUCCCUCUCUGGGUUCCAUCUCACCAAG
.(((((((.((((((..(((((...)))))..))))))..).).)))))..(((....((((((.......)))))))))((..(((((((..(((.....)))..))))))).))... ( -47.70)
>canFam1.chr24/42628929-42629045
CAAAUGCCCUGCAGUUUGCGGUGUUCUACCGUGGACAGCUUGUGUGUUGGUAGACUACUGGUUAGAAUGGUUGGUGUCAGUAGGGAUGGGGUCCCUCUGGGUCCCAUCUCACCAAG
...((((...((.(((..(((((...)))))..))).))..)))).(((((.(((.(((..((.....))..))))))....((((((((..((....))..))))))))))))). ( -45.80)
>consensus
_AAAAGCCCUGCAGUCUGCAGUGUUCUACUGUGGACUGCUUGUGUGUUGGCAGACUACU___GGUAAGAAUGGCUAGUGUCAGCAGGGAUGGCGCC_UCUCUGGGUCCCAUCUCACCAAG
.....((...(((((((((((((...)))))))))))))..)).(((((((((((((.............)))))..))))))))((((((((.((.......)).))))))))...... (-32.46 = -32.39 +  -0.06) 

	

[Download RNAz result]

Consensus structure

Secondary structure graph

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Montain plot

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Dotplot

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