Structure #116613

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr20
Strand	-
Position	17,891,413 - 17,891,530
Number of sequences	4
Organisms	human, mouse, rat, dog
Mean pairwise identity	81.09
Columns	120
Mean single MFE	-46.35
Consensus MFE	-39.21
Combinations/base pair	53 / 36 = 1.47
SCI	0.85
z-score	-2.97
RNA class probability	0.998416

This structure is part of cluster 61845

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  81.09
 Mean single sequence MFE: -46.35
 Consensus MFE: -39.21
 Energy contribution: -36.40
 Covariance contribution:  -2.81
 Mean z-score:  -2.97
 Structure conservation index:   0.85
 SVM decision value:   3.09
 SVM RNA-class probability: 0.998416
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr20/17891530-17891413
CCUCAGUUCCUGUUCUAGGAACUUGAGGCUAUGUAGCCUGAAAAUGCCCUGCAGUCUGCAGUGUUCUACUGUGAACUGCUUGUGUGUUGGCAGGCUACCGGUAAGAAUGGUUGGUGU
((((((((((((...))))))).)))))....((((((((..((((((..(((((..((((((...))))))..)))))..).)))))..))))))))................... ( -48.10)
>mm5.chr2/144018136-144018019
UCUCGGUUCCUGUUCUGGGAGCUUGGGGCUGAGUAGCCACCAGCCCUGCUCUCUGCAGUGUUCUAUUGUGGAUUGCUUGUGUGCUGGCAGGCUACUACUGGUAAGAAUGGCUAGUGU
..((((((((.((((...))))..))))))))((((((.(((((((.((..((..(((((...)))))..))..))..).).)))))..))))))(((((((.......))))))). ( -47.00)
>rn3.chr3/132698973-132698856
UCCCAGUUCCUGUUCUGGGAGCUUGGGGCUGAGUAGCCUCCAACCCUGCAAUCUGCAGUGUUCUACUGUGGAUUGCUUGUGUGUUGGCAGACUACUACUGGUAAGAAUGGCUAGUGU
(((((((((((.....)))))).)))))...(((((.(((((((((.((((((..(((((...)))))..))))))..).).))))).)).)))))((((((.......)))))).. ( -49.90)
>canFam1.chr24/42628968-42629085
CCUUGGUUCCUGUUCUAGGAACUCGGGGCUACGUAGCCUCCAAAUGCCCUGCAGUUUGCGGUGUUCUACCGUGGACAGCUUGUGUGUUGGUAGACUACUGGUUAGAAUGGUUGGUGU
(((.((((((((...)))))))).)))((((.((((.((((((((((...((.(((..(((((...)))))..))).))..)))).)))).)).))))))))............... ( -40.40)
>consensus
CCUCAGUUCCUGUUCUAGGAACUUGGGGCUAAGUAGCC___AAAAGCCCUGCAGUCUGCAGUGUUCUACUGUGGACUGCUUGUGUGUUGGCAGACUACU___GGUAAGAAUGGCUAGUGU
(((((((((((.....)))))).))))).....(((((.......(((..(((((((((((((...)))))))))))))..((.((....)).)).......)))......))))).... (-39.21 = -36.40 +  -2.81)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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