Structure #116615
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr20 |
Strand | - |
Position | 17,891,450 - 17,891,570 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 83.82 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -42.88 |
Consensus MFE | -39.97 |
Combinations/base pair | 45 / 32 = 1.41 |
SCI | 0.93 |
z-score | -3.02 |
RNA class probability | 0.998348 |
This structure is part of cluster 61845
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 83.82 Mean single sequence MFE: -42.88 Consensus MFE: -39.97 Energy contribution: -37.73 Covariance contribution: -2.25 Mean z-score: -3.02 Structure conservation index: 0.93 SVM decision value: 3.07 SVM RNA-class probability: 0.998348 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr20/17891570-17891450 UAUCCAUUCGCUGAGUGCGCUGCACUGACCUUCUUCCAAGCCUCAGUUCCUGUUCUAGGAACUUGAGGCUAUGUAGCCUGAAAAUGCCCUGCAGUCUGCAGUGUUCUACUGUGAACUGCU ......(((((..((.((((((((..(((.........((((((((((((((...))))))).))))))).((((((.(....).))..))))))))))))))).))...)))))..... ( -43.50) >mm5.chr2/144018176-144018059 UAUCCAUUCGCUGAGUACGCUGCUCUGACCUUCUUCCCAGUCUCGGUUCCUGUUCUGGGAGCUUGGGGCUGAGUAGCCACCAGCCCUGCUCUCUGCAGUGUUCUAUUGUGGAUUGCU .((((((..((((.((..(((((((...(((..(((((((...(((...)))..)))))))...)))...))))))).)))))).((((.....)))).........)))))).... ( -44.00) >rn3.chr3/132699013-132698896 UAUCCAUUCGCUGAGUACGCUGCACUGACCUUCUUCCCAGUCCCAGUUCCUGUUCUGGGAGCUUGGGGCUGAGUAGCCUCCAACCCUGCAAUCUGCAGUGUUCUACUGUGGAUUGCU ............(((...(((((...((......)).((((((((((((((.....)))))).)))))))).)))))))).......((((((..(((((...)))))..)))))). ( -45.70) >canFam1.chr24/42629005-42629125 UAUCCAUUCGCUGAGUGCACUGUACUGACCUUCUUCCAAGCCUUGGUUCCUGUUCUAGGAACUCGGGGCUACGUAGCCUCCAAAUGCCCUGCAGUUUGCGGUGUUCUACCGUGGACAGCU .........(((((((((...)))))............((((((((((((((...))))))).)))))))...)))).............((.(((..(((((...)))))..))).)). ( -38.30) >consensus UAUCCAUUCGCUGAGUACGCUGCACUGACCUUCUUCCAAGCCUCAGUUCCUGUUCUAGGAACUUGGGGCUAAGUAGCC___AAAAGCCCUGCAGUCUGCAGUGUUCUACUGUGGACUGCU ......(((((..((.(((((((..............((((((((((((((.....)))))).)))))))).((((............)))).....))))))).))...)))))..... (-39.97 = -37.73 + -2.25)