Structure #116617
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr20 |
| Strand | - |
| Position | 17,891,490 - 17,891,602 |
| Number of sequences | 4 |
| Organisms | human, mouse, rat, dog |
| Mean pairwise identity | 88.21 |
| Columns | 112 |
| Mean single MFE | -41.23 |
| Consensus MFE | -37.2 |
| Combinations/base pair | 46 / 36 = 1.28 |
| SCI | 0.9 |
| z-score | -2.87 |
| RNA class probability | 0.995947 |
This structure is part of cluster 61845
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 112 Columns: 112 Strand: + Mean pairwise identity: 88.21 Mean single sequence MFE: -41.23 Consensus MFE: -37.20 Energy contribution: -36.33 Covariance contribution: -0.88 Mean z-score: -2.87 Structure conservation index: 0.90 SVM decision value: 2.63 SVM RNA-class probability: 0.995947 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr20/17891602-17891490 GGCUUGCAGCCUUGUGAAAUGAUGAUUCAGUUUAUCCAUUCGCUGAGUGCGCUGCACUGACCUUCUUCCAAGCCUCAGUUCCUGUUCUAGGAACUUGAGGCUAUGUAGCCUG ((((((((((((((((((..(((((......)))))..))))).)))...))))))..............((((((((((((((...))))))).)))))))....)))).. ( -42.20) >mm5.chr2/144018208-144018097 GGCUUGCAGCCGUGUGAAAUGAUGAUUCUGUUUAUCCAUUCGCUGAGUACGCUGCUCUGACCUUCUUCCCAGUCUCGGUUCCUGUUCUGGGAGCUUGGGGCUGAGUAGCC ((((..(((((..(((((..(((((......)))))..))))).((((.....))))...((...(((((((...(((...)))..)))))))...)))))))...)))) ( -39.30) >rn3.chr3/132699045-132698934 GGCUUGCAGCCUUGUGAAAUGAUGAUUCUGUUUAUCCAUUCGCUGAGUACGCUGCACUGACCUUCUUCCCAGUCCCAGUUCCUGUUCUGGGAGCUUGGGGCUGAGUAGCC ((((((((((((((((((..(((((......)))))..))))).)))...)))))).............((((((((((((((.....)))))).))))))))...)))) ( -43.70) >canFam1.chr24/42629045-42629157 GGGUUGCAGCUUUGUGAAGUGAUGAUUCAGUUUAUCCAUUCGCUGAGUGCACUGUACUGACCUUCUUCCAAGCCUUGGUUCCUGUUCUAGGAACUCGGGGCUACGUAGCCUC (((((((.((((.(((((..(((((......)))))..))))).))))......................((((((((((((((...))))))).)))))))..))))))). ( -39.70) >consensus GGCUUGCAGCCUUGUGAAAUGAUGAUUCAGUUUAUCCAUUCGCUGAGUACGCUGCACUGACCUUCUUCCAAGCCUCAGUUCCUGUUCUAGGAACUUGGGGCUAAGUAGCC__ ((((.(((((((((((((..(((((......)))))..))))).)))...)))))..............((((((((((((((.....)))))).))))))))...)))).. (-37.20 = -36.33 + -0.88)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
