Structure #118029
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr20 |
Strand | + |
Position | 37,552,028 - 37,552,147 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 70.15 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -44.93 |
Consensus MFE | -25.84 |
Combinations/base pair | 45 / 30 = 1.50 |
SCI | 0.58 |
z-score | -2.1 |
RNA class probability | 0.988436 |
This structure is part of cluster 62565
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 70.15 Mean single sequence MFE: -44.92 Consensus MFE: -25.84 Energy contribution: -26.40 Covariance contribution: 0.56 Mean z-score: -2.10 Structure conservation index: 0.58 SVM decision value: 2.12 SVM RNA-class probability: 0.988436 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr20/37552028-37552147 GGAGGAGAGAGGCCUCCAAGCAAUCCUCACUGGAGUGGGUUUUGGCUCAAGAGUGAGGUGGGCCUUGCCGGCCCUGCUUGACUGGCCAAAGUCUGAUGAUUUUUCUUGUGGUCCAGACA (((...((((((((..((((((..(((((((....(((((....)))))..))))))).(((((.....)))))))))))...))))((((((....))))))))))....)))..... ( -50.40) >mm5.chr2/159324727-159324846 GGAGCAGAGAGGGCUCUGAUCAGUUCUAAGUGAAGCGGUUUUGGCUCAGGAGUUGGACUAGGCCUGCCUGGUUCCGUUUCUGUAGCCAAAGUUUGAUGGUUUCUCUUGUGGUCCAGAUG (((.((...((((((......))))))(((.(((((.(((((((((((((((..((((((((....))))))))..)))))).)))))).....))).))))).))).)).)))..... ( -46.80) >rn3.chr3/149912397-149912507 GGGCCUCUGAUCAGUUCUAAGUGGAGUGGUUUUGGCUCAGGAAUUGGACCAGGCCCUGCUGGUUCUGCUUCUGUAGCCAAAGUCUGAUGGUUUCUCUUGUGGUCCAGAUG (((((.(.(((((.((((....)))).(..((((((((((((...(((((((......)))))))...))))).)))))))..)...)))))......).)))))..... ( -39.30) >canFam1.chr24/30705606-30705710 GGAGGGGAGAGGUCUCCCGGCAGUCCUGAGUGGAGCGGUUUUGGCUCAAGAGUUGGGAUGGGCCUUGCUGGCGCUGCUCGGCUGGCCGAAGUCUGGUCCAGAUG (((.(((((....))))).....)))....((((.(((((((((((....(((((((..(.(((.....))).)..))))))))))))))).))).)))).... ( -43.20) >consensus GGAGGAGAGAGGCCUCCGAGCAGUCCUAAGUGGAGC_GGUUUUGGCUCAAGAGUUGGACUAGGCCUUGCUGGCUCUGCUUCUCUAGCCAAAGUCUGAUGGUUUCUCUUGUGGUCCAGAUG (((((.......)))))......(((.....)))...(..((((((((((((((.(((((((......))))))).))))))).)))))))..).......................... (-25.84 = -26.40 + 0.56)