Structure #118831

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr20
Strand	+
Position	44,330,281 - 44,330,386
Number of sequences	4
Organisms	human, dog, mouse, rat
Mean pairwise identity	72.03
Columns	120
Mean single MFE	-53.32
Consensus MFE	-32.8
Combinations/base pair	52 / 37 = 1.41
SCI	0.62
z-score	-2.23
RNA class probability	0.995101

This structure is part of cluster 63001

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  72.03
 Mean single sequence MFE: -53.33
 Consensus MFE: -32.80
 Energy contribution: -32.55
 Covariance contribution:  -0.25
 Mean z-score:  -2.23
 Structure conservation index:   0.62
 SVM decision value:   2.54
 SVM RNA-class probability: 0.995101
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr20/44330281-44330386
AGACGUGGCCUGAGCCUGGGCUUAUCCAGCUGGGCCUGGCCCCGCUCCGAGGGUCUGUCGCUUGCUGUGAUCACAGCAGGAUCAGUGCCCCAGAUCUUGCUUAAA
.((((.((((.(.(((..(.((.....)))..)))).)))).)).)).(.(((((((...((((((((....))))))))..))).))))).............. ( -42.10)
>canFam1.chr24/36422479-36422598
CAACGUGGCCUGAGCCCUGGGCUUAGCCAGCUGGCCUUGGCCCAGCUCUGAGCCCCGCUACCUUGCGUCCACCGCCUGCCGUGUUCACGGCGGGAUCAGAGCCCUGGAGCUCGCUCACA
....(((((..((((((((((((..(((....)))...))))))(((((((....(((......))).......((((((((....)))))))).)))))))...)).)))))).))). ( -58.70)
>mm5.chr2/165258833-165258950
GGAUGCCGCCUGAGCUGGGGCUUAACCAGCCAGGCCCUGCCAUCCGCAGAGGAGGGAGCCCCGGGUCUGCCGCCUGCUGUGCUCACAGCGGGAUCAGCGCCCCAGAUCUCUCUCAAA
((((((.(((((.(((((.......))))))))))...).)))))......(((((((....(((((((...((((((((....))))))))..))).)))).....)))))))... ( -58.70)
>rn3.chr3/156141469-156141586
GGAUGCAGCCUGAGCCAGGGCUUAGCCAGCCAGGCCCUGCCAGCCGCAGAGGAGGGAGCCCCAGGCCUGCCGCCUGCUGUGCUCACAGCGGGAUCAGCGCCCCAGAUCUCUCUCAAA
...(((.((.((.((.(((((((.(....).))))))))))))).)))...(((((((.....((((((...((((((((....))))))))..))).)))......)))))))... ( -53.80)
>consensus
GGACGCGGCCUGAG_CCUGGGCUUAGCCAGCCAGGCCCGGCCAACCGCAGAGGAGGGA_GCCCCGGGUCUGCCGCCUGCUGUGCUCACAGCGGGAUCAGCGCCCCAGAUCUCGCUCAAA_
..........((((..((((((((((....))))))))))........(((((.(((....)))(((((((...((((((((....))))))))..))).))))....)))))))))... (-32.80 = -32.55 +  -0.25)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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