Structure #119689

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr20
Strand	+
Position	60,561,946 - 60,562,030
Number of sequences	6
Organisms	human, dog, mouse, rat, chicken, fugu
Mean pairwise identity	82.51
Columns	86
Mean single MFE	-30.86
Consensus MFE	-32
Combinations/base pair	39 / 28 = 1.39
SCI	1.04
z-score	-4.94
RNA class probability	0.993105

This structure is part of cluster 63519

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 6
 Slice: 1 to 86
 Columns: 86
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  82.51
 Mean single sequence MFE: -30.86
 Consensus MFE: -32.00
 Energy contribution: -30.17
 Covariance contribution:  -1.83
 Mean z-score:  -4.94
 Structure conservation index:   1.04
 SVM decision value:   2.37
 SVM RNA-class probability: 0.993105
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr20/60561946-60562030
GACUGCCUGCUUGGGAAACAUACUUCUUUAUAUGCCCAUAUGGACCUGCUAAGCUAUGGAAUGUAAAGAAGUAUGUAUCUCAGG
.........(((((((.((((((((((((((((..((((((((.....)))...))))).)))))))))))))))).))))))) ( -33.30)
>canFam1.chr24/49502260-49502341
UACCCGCUUGGGGAACAUACUUCUUUAUAUGCCCAUAUGGACCUGCUAAGCUAUGGAAUGUAAAGAAGUAUGUAUUUCAGG
......((((..(.((((((((((((((((..((((((((.....)))...))))).)))))))))))))))).)..)))) ( -30.80)
>mm5.chr2/180077244-180077330
GAACCUACCUGCUUGGGACACAUACUUCUUUAUAUGCCCAUAUGAACCUGCUAAGCUAUGGAAUGUAAAGAAGUAUGUAUUUCAGG
...........((((..(.((((((((((((((((..(((((..............))))).)))))))))))))))).)..)))) ( -29.64)
>rn3.chr18/85146868-85146787
UGCCUACUCAGAGCACAUACUUCUUUAUGUACCCAUAUGAACAUAGAAUGCUAUGGAAUGUAAAGAAGUGUGUAUUUUGGG
......(((((((.((((((((((((((((..(((((..............))))).)))))))))))))))).))))))) ( -27.24)
>galGal2.chr20/7845559-7845645
GAACCUACCUGCUUGAGAGACAUACUUCUUUAUAUGCCCAUAUGAACCUGGCAAUCUAUGGAAUGUAAAGAAGUAUGUAUUUCAGG
...........(((((((.((((((((((((((((..(((((.((.........))))))).)))))))))))))))).))))))) ( -31.60)
>fr1.chrUn/53910874-53910793
GACCUGCUUGGGGCACAUCCUUCUUUAUAUGCCCAUAUGAACAUGAGCAACUGUGGAAUGUAAAGAAGUAUGUACCCCAGG
......(((((((.((((.(((((((((((..(((((((........))..))))).))))))))))).)))).))))))) ( -32.60)
>consensus
_____UACCUGCUUGGGACACAUACUUCUUUAUAUGCCCAUAUGAACCUGCUAAGCUAUGGAAUGUAAAGAAGUAUGUAUUUCAGG
...........(((((((.((((((((((((((((..(((((..............))))).)))))))))))))))).))))))) (-32.00 = -30.17 +  -1.83)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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