Structure #119691
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr20 |
Strand | - |
Position | 60,561,946 - 60,562,030 |
Number of sequences | 6 |
Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken, fugu |
Mean pairwise identity | 82.51 |
Columns | 86 |
Mean single MFE | -25.89 |
Consensus MFE | -20.78 |
Combinations/base pair | 27 / 25 = 1.08 |
SCI | 0.8 |
z-score | -3.8 |
RNA class probability | 0.964489 |
This structure is part of cluster 63519
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 6 Slice: 1 to 86 Columns: 86 Strand: + n….¢?V Mean pairwise identity: 82.51 Mean single sequence MFE: -25.89 Consensus MFE: -20.78 Energy contribution: -21.22 Covariance contribution: 0.45 Mean z-score: -3.80 Structure conservation index: 0.80 SVM decision value: 1.57 SVM RNA-class probability: 0.964489 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr20/60562030-60561946 CCUGAGAUACAUACUUCUUUACAUUCCAUAGCUUAGCAGGUCCAUAUGGGCAUAUAAAGAAGUAUGUUUCCCAAGCAGGCAGUC ((((.((.(((((((((((((.(((((((((((.....)))...)))))).)).))))))))))))).)).....))))..... ( -27.00) >canFam1.chr24/49502341-49502260 CCUGAAAUACAUACUUCUUUACAUUCCAUAGCUUAGCAGGUCCAUAUGGGCAUAUAAAGAAGUAUGUUCCCCAAGCGGGUA ((((....(((((((((((((.(((((((((((.....)))...)))))).)).)))))))))))))........)))).. ( -24.90) >mm5.chr2/180077330-180077244 CCUGAAAUACAUACUUCUUUACAUUCCAUAGCUUAGCAGGUUCAUAUGGGCAUAUAAAGAAGUAUGUGUCCCAAGCAGGUAGGUUC ((((..(((((((((((((((.(((((((((((.....)))...)))))).)).)))))))))))))))......))))....... ( -27.70) >rn3.chr18/85146787-85146868 CCCAAAAUACACACUUCUUUACAUUCCAUAGCAUUCUAUGUUCAUAUGGGUACAUAAAGAAGUAUGUGCUCUGAGUAGGCA ........(((.(((((((((...((((((((((...))))...))))))....))))))))).)))(((.......))). ( -18.50) >galGal2.chr20/7845645-7845559 CCUGAAAUACAUACUUCUUUACAUUCCAUAGAUUGCCAGGUUCAUAUGGGCAUAUAAAGAAGUAUGUCUCUCAAGCAGGUAGGUUC ((((....(((((((((((((.((((((((((.........)).)))))).)).)))))))))))))........))))....... ( -24.90) >fr1.chrUn/53910793-53910874 CCUGGGGUACAUACUUCUUUACAUUCCACAGUUGCUCAUGUUCAUAUGGGCAUAUAAAGAAGGAUGUGCCCCAAGCAGGUC ..((((((((((.((((((((...........((((((((....))))))))..)))))))).))))))))))........ ( -32.32) >consensus CCUGAAAUACAUACUUCUUUACAUUCCAUAGCUUAGCAGGUUCAUAUGGGCAUAUAAAGAAGUAUGUGCCCCAAGCAGGUA_____ ((((....(((((((((((((.((((((((..............)))))).)).)))))))))))))........))))....... (-20.78 = -21.22 + 0.45)