Structure #122444
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr3 |
| Strand | + |
| Position | 39,209,928 - 39,210,056 |
| Number of sequences | 4 |
| Organisms | human, mouse, rat, dog |
| Mean pairwise identity | 77.66 |
| Columns | 131 |
| Mean single MFE | -49.13 |
| Consensus MFE | -32.14 |
| Combinations/base pair | 47 / 40 = 1.18 |
| SCI | 0.65 |
| z-score | -2.02 |
| RNA class probability | 0.920521 |
This structure is part of cluster 67118
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 131 Columns: 131 Strand: + Mean pairwise identity: 77.66 Mean single sequence MFE: -49.12 Consensus MFE: -32.14 Energy contribution: -35.95 Covariance contribution: 3.81 Mean z-score: -2.02 Structure conservation index: 0.65 SVM decision value: 1.13 SVM RNA-class probability: 0.920521 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr3/39209928-39210056 GACUCUUCCCUCUGACUCAGGGCCCAGGCUUUCUGGGAAUGGAGGGGAGGGGAAGGGCGGCAUGCAGGGAGCUGACCGUGGGGUUAUUUCUGACCCUGGAGUCAUCAGCUUCCCAGUCACAGAUGGAG (((((((((((((..((((((((....)))..)))))...)))))))))((((((.((((((.((.....)))).))))(((((((....)))))))...........)))))))))).......... ( -54.50) >mm5.chr9/120010216-120010338 GACUCUUCCCUCUGACUCACGGCCCAGACUCUCUGGGAAUGGCUGGGAGGACCUACACAUGGUAACUGACUGUGGAGUUAUUUCUGACCCUGGAGUCAUCAUCUUCGUGGUCACAGAUGGAG (((((...(((((.(..((...(((((.....)))))..))..).))))).......((((((.....)))))))))))((((.(((((.(((((.......))))).))))).)))).... ( -40.70) >rn3.chr8/125025720-125025841 GACUCUUCCCUCUGACUCAGAGCCCAGAUUCUCUGGGGAUGGCUGAGAGGAUCCACACAUGAAGCUGACUGUGGGGUUAUUUCUGACCCUGGAGUCAUCAUCUUCGUGAUCACAGAUGGAG ......(((.((((.(((((..(((((.....))))).....)))))..........(((((((.(((((.((((((((....)))))))).)))))....)))))))....)))).))). ( -48.40) >canFam1.chr23/11867106-11867229 GACUCUCCUCUCUGACUCAGGGCCCAGACCUUCUGGGAAUGGAGGGGAAGGGAGGAGUGGCCUGCCGCAAGCUGACUGUGGGGUUAUUUCUGAUCCUGGAGUCAUCAGCAUCCCAGUCACAGA (((.(((((((((..(((....(((((.....)))))....)))....)))))))))(((..((((....).(((((.((((((((....)))))))).)))))...)))..))))))..... ( -52.90) >consensus GACUCUUCCCUCUGACUCAGGGCCCAGACUCUCUGGGAAUGGAGGGGAGGG_______GGCAUACA___GGAAGCUGACUGUGGGGUUAUUUCUGACCCUGGAGUCAUCAGCUUCCCAGUCACAGAUGGAG ((((.((((((((.(.(((...(((((.....)))))..))).).))))))))................(((((((((((.((((((((....)))))))).)))))...)))))).)))).......... (-32.14 = -35.95 + 3.81)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
