Structure #123931
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr3 |
| Strand | - |
| Position | 55,700,971 - 55,701,089 |
| Number of sequences | 5 |
| Organisms | human, mouse, rat, dog, chicken |
| Mean pairwise identity | 80.5 |
| Columns | 120 |
| Mean single MFE | -34.59 |
| Consensus MFE | -26.52 |
| Combinations/base pair | 47 / 34 = 1.38 |
| SCI | 0.77 |
| z-score | -3.08 |
| RNA class probability | 0.997793 |
This structure is part of cluster 67866
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 80.50 Mean single sequence MFE: -34.59 Consensus MFE: -26.52 Energy contribution: -25.12 Covariance contribution: -1.40 Mean z-score: -3.08 Structure conservation index: 0.77 SVM decision value: 2.93 SVM RNA-class probability: 0.997793 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr3/55701089-55700971 UGUUUUGAGGUUAAAUGAAUGUGGGAUAAAUGUAUACAUAGCAUCCUGUGUGUAUAUAUGUAUGUAUUGCUCUAUGUCAGAUGAACUGACGACUUUUCCACAUAUGGAAGAAUUUCAC .....(((((((......((((((((...((((((((((((....)))))))))))).................((((((.....))))))....)))))))).......))))))). ( -31.72) >mm5.chr14/92730808-92730926 GUUUUGAGGUUAAAUGGGUGUGGGGCAAAUGUAUACACAGAGUCCUGUGUGUAUAUAUGUAUGUAUCACUAUGUGUCAGGAUGACCUGAGUACGUCUCCACAUAUGGAAGAAUCUCAC ....(((((((......((((((((((.((((((((((((....)))))))))))).)))..........((((((((((....))))).))))).))))))).......))))))). ( -42.62) >rn3.chr16/86636004-86636122 GUUUUGAGGUUAAAUGGGUGUGGGGCAAAUGUAUACACGGAGUCCUGUGUGUAUAUAUGUACGUAUCGCUAUGUGUCAGGAUGAACUGAGUAUGUCUCCACAUGUGGAAGAAUCUCAC ....(((((((...((.((((((((((.((((((((((((....))))))))))))...((((((....))))))((((......))))...)))).)))))).))....))))))). ( -41.10) >canFam1.chr20/23746445-23746563 UGUUUUGAGGUUAAAUGAAUGUGGGAUAAAUGUAUACAUAGUGUCCUGUGUGUAUAUAUGUAUGUAUCGCUAUAUGUCAGACGAACUGAGGACUUUCCCACAUAUGGAAGAAUUUCUC ......((((((......((((((((...((((((((((((....)))))))))))).................(.((((.....)))).)....)))))))).......)))))).. ( -30.62) >galGal2.chr12/8106084-8105965 UGUUUUGAGGUUUAAUGAAUGUGAUAUAAAUGUAUACAUACUGCUCGGUGUGUAUAUUUAUAUAUAUCUGUAUUUAUAUGUUAACUUUGCAGUCUUUUCCACAUAUGGAAGAAUUUUUU (((...((((((..((((((..((((((...(((((((((((....))))))))))).....))))))...)))))).....)))))))))...(((((((....)))))))....... ( -26.90) >consensus UGUUUUGAGGUUAAAUGAAUGUGGGAUAAAUGUAUACAUAGAGUCCUGUGUGUAUAUAUGUAUGUAUCGCUAUAUGUCAG_AUGAACU_GAGGACUUUUCCACAUAUGGAAGAAUUUCAC ......((((((......((((((((((.((((((((((((....)))))))))))).))((((((....)))))).....................)))))))).......)))))).. (-26.52 = -25.12 + -1.40)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
