Structure #123934
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr3 |
| Strand | - |
| Position | 55,701,009 - 55,701,129 |
| Number of sequences | 5 |
| Organisms | human, mouse, rat, dog, chicken |
| Mean pairwise identity | 80.08 |
| Columns | 120 |
| Mean single MFE | -26.58 |
| Consensus MFE | -16.49 |
| Combinations/base pair | 37 / 28 = 1.32 |
| SCI | 0.62 |
| z-score | -1.92 |
| RNA class probability | 0.769358 |
| Warning | Base composition out of range |
This structure is part of cluster 67866
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 80.08 Mean single sequence MFE: -26.58 Consensus MFE: -16.49 Energy contribution: -16.29 Covariance contribution: -0.20 Mean z-score: -1.92 Structure conservation index: 0.62 SVM decision value: 0.52 SVM RNA-class probability: 0.769358 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr3/55701129-55701009 CUAGCUUUUGCUUAGGGAGGAAUAAAAAGAAUUUAUUUUAUGUUUUGAGGUUAAAUGAAUGUGGGAUAAAUGUAUACAUAGCAUCCUGUGUGUAUAUAUGUAUGUAUUGCUCUAUGUCAG (((((....)).)))((((.((((........(((((((((((((...........)))))))))))))((((((((((((....)))))))))))).......)))).))))....... ( -27.80) >mm5.chr14/92730847-92730962 UUAGCUUUUGCUUAGGAAAGGAAAAAAAGAAUUUAUGUUUUGAGGUUAAAUGGGUGUGGGGCAAAUGUAUACACAGAGUCCUGUGUGUAUAUAUGUAUGUAUCACUAUGUGUCAG ((((((((..(((....))).......(((((....)))))))))))))...((((....(((.((((((((((((....)))))))))))).)))......))))......... ( -25.40) >rn3.chr16/86636043-86636158 UUAGCUUUUGCUUAGGAAAGGAAAAAAAGAAUUUAUGUUUUGAGGUUAAAUGGGUGUGGGGCAAAUGUAUACACGGAGUCCUGUGUGUAUAUAUGUACGUAUCGCUAUGUGUCAG .((((.....(((((((...(((........)))...)))))))........((((((..(((.((((((((((((....)))))))))))).))).))))))))))........ ( -28.50) >canFam1.chr20/23746483-23746603 CUAGCUUUUGCGUAGGGAGGAAAAAAAAGAAUUUAUUUUAUGUUUUGAGGUUAAAUGAAUGUGGGAUAAAUGUAUACAUAGUGUCCUGUGUGUAUAUAUGUAUGUAUCGCUAUAUGUCAG .(((((((.((((((((..((..........))..))))))))...)))))))..(((((((((((((.((((((((((((....)))))))))))).......)))).)))))).))). ( -27.30) >galGal2.chr12/8106117-8106004 CUCUCCUUUGCUUACAGAAAUGAAUUUAUUUUAUGUUUUGAGGUUUAAUGAAUGUGAUAUAAAUGUAUACAUACUGCUCGGUGUGUAUAUUUAUAUAUAUCUGUAUUUAUAUG ............((((((.....(((((((..((.(....).))..)))))))...((((((((((((((((........))))))))))))))))...))))))........ ( -23.90) >consensus CUAGCUUUUGCUUAGGGAAGAAAAAAAAGAAUUUAUUUUAUGUUUUGAGGUUAAAUGAAUGUGGGAUAAAUGUAUACAUAGAGUCCUGUGUGUAUAUAUGUAUGUAUCGCUAUAUGUCAG .(((((((.((..............................))...))))))).......((((.(((.((((((((((((....)))))))))))).))).....)))).......... (-16.49 = -16.29 + -0.20)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
