Structure #127697

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr3
Strand	+
Position	109,226,802 - 109,226,921
Number of sequences	4
Organisms	human, mouse, rat, dog
Mean pairwise identity	83.96
Columns	120
Mean single MFE	-41.93
Consensus MFE	-33.92
Combinations/base pair	50 / 36 = 1.39
SCI	0.81
z-score	-3.03
RNA class probability	0.995867

This structure is part of cluster 70083

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  83.96
 Mean single sequence MFE: -41.92
 Consensus MFE: -33.92
 Energy contribution: -31.92
 Covariance contribution:  -2.00
 Mean z-score:  -3.03
 Structure conservation index:   0.81
 SVM decision value:   2.62
 SVM RNA-class probability: 0.995867
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr3/109226802-109226921
AAAAUUCAUCACGCAGGAGUGCUGGAGGGAAUAUUUUCUUCUCUUUGUGGCUCCAGAGAGCACAGUGUGUUCUGUCGAGCUAGAAAAAUAGAAUUGGGCUGGUGUGAUGGAUGAUGAGU
...(((((((((((...(((.(.(((((((.....))))))).(((.((((((.(.(((((((...))))))).).)))))).))).........).))).)))))))))))....... ( -41.70)
>mm5.chr16/48959703-48959584
AAAAUUCAUCAUCCAGGAGUGUGGGAGGGAAUAUUUCCUCCCCUUUGUGGCUUCAGAGAGCACAGUGUGCUCUGCCGAGCUGGACAAAUAGAACUGGGUUGGUGUGAUGAACAGUUAUU
....(((((((((((.(((.(.((((((((....)))))))))))).)))......(((((((...)))))))(((((.(..(..........)..).)))))))))))))........ ( -43.30)
>rn3.chr11/52134567-52134686
AAAACUCAUCAUACGGGAGUGUGGGAGGGAAUAUUUCCUCCCCUUUGUGGCUCCAGAGAGCACAGUGUGCUCUGCCGAGCUGGACAAAUAGAACUGGGUUGGUGUGAUGAACAGUUAUU
.....(((((((((.((...((((((((((....)))))))).((((((((((...(((((((...)))))))...)))))..)))))....))....)).)))))))))......... ( -44.20)
>canFam1.chr33/16368496-16368616
AGAAUUUAUCAUGCAGGGAUAUUGGAGGGAAUAUUUUCUCCCCCUUUGUGGCUCCAGAGGGCACAGUGUGCCUUGUCGAGCUAGAACAAUAGAAUUGGGUUCAUGUGAUGGAUGCUUAUU
((.(((((((((..((((.....((((..(....)..))))))))...((((((.(.(((((((...))))))).).))))))((((...........))))..))))))))).)).... ( -38.50)
>consensus
AAAAUUCAUCAUGCAGGAGUGUGGGAGGGAAUAUUUCCU_CCCCUUUGUGGCUCCAGAGAGCACAGUGUGCUCUGCCGAGCUAGAAAAAUAGAACUGGGUUGGUGUGAUGAACAGUUAUU
....((((((((((.(((((...((((((............))))))...)))))..(((((((...)))))))(((.(((((......)))..)).)))..))))))))))........ (-33.92 = -31.92 +  -2.00)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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