Structure #138349

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr4
Strand	+
Position	91,996,654 - 91,996,774
Number of sequences	4
Organisms	human, mouse, rat, dog
Mean pairwise identity	85
Columns	120
Mean single MFE	-33.28
Consensus MFE	-27.91
Combinations/base pair	48 / 40 = 1.20
SCI	0.84
z-score	-4.2
RNA class probability	0.998129

This structure is part of cluster 76224

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  85.00
 Mean single sequence MFE: -33.27
 Consensus MFE: -27.91
 Energy contribution: -31.47
 Covariance contribution:   3.56
 Mean z-score:  -4.20
 Structure conservation index:   0.84
 SVM decision value:   3.01
 SVM RNA-class probability: 0.998129
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr4/91996654-91996774
UUGAUCAUGUUUCACUUCAAGAAAUCCUUAUAAAUAAACUUUAAUCCCAUAGGACAGAUCCAUUAAUUAUGCUUUCAGGGGAGGCAUAAUUAAUGGAUCUGUACUAUGGAAUUAUAGCAU
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>mm5.chr6/61722392-61722512
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>rn3.chr4/90812289-90812408
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>canFam1.chr32/16870433-16870553
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>consensus
UUGAUCAUGUUUCACUUCAAGAAAUCCUUAUAAACAAACUAUAAUCCCACAAGACAGAUCCAUUAAUCAAGCUUUCAGGGGAAGUAUAAUUAAUGGAUCCAUGCUAUAGAAUUAUGGCAU
........(((((.......))))).............(((((((.((((((.((((((((((((((((((((((.....)))))))))))))))))))))).)))))).)))))))... (-27.91 = -31.47 +   3.56)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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