Structure #138351

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr4
Strand	-
Position	91,996,654 - 91,996,774
Number of sequences	4
Organisms	human, mouse, rat, dog
Mean pairwise identity	85
Columns	120
Mean single MFE	-39.73
Consensus MFE	-39.67
Combinations/base pair	57 / 42 = 1.36
SCI	1
z-score	-5.91
RNA class probability	0.984137

This structure is part of cluster 76224

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  85.00
 Mean single sequence MFE: -39.73
 Consensus MFE: -39.67
 Energy contribution: -38.05
 Covariance contribution:  -1.62
 Mean z-score:  -5.91
 Structure conservation index:   1.00
 SVM decision value:   1.96
 SVM RNA-class probability: 0.984137
 Prediction: RNA

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>hg17.chr4/91996774-91996654
AUGCUAUAAUUCCAUAGUACAGAUCCAUUAAUUAUGCCUCCCCUGAAAGCAUAAUUAAUGGAUCUGUCCUAUGGGAUUAAAGUUUAUUUAUAAGGAUUUCUUGAAGUGAAACAUGAUCAA
..(((.(((((((((((.(((((((((((((((((((.((....))..))))))))))))))))))).))))))))))).)))((((((...(((....))).))))))........... ( -46.90)
>mm5.chr6/61722512-61722392
AUGUCAUAAUUCUAUAGCAUGGCUCCAUUAAUUAGACUUCCCCUGAAAGCUUGGUCAAUGGACCUGUCUUGUGGGAUUAUAGUUUGUUUAUAAAGAUUUCUUGAAGCAAAACAUGAUCAA
((((.((((((((((((.((((.((((((.((((..(((.......)))..)))).)))))).)))).))))))))))))..(((((((...(((....))).)))))))))))...... ( -29.00)
>rn3.chr4/90812408-90812289
AUGCCAUAUUCCAUAGCAUGGGUCCAUUAAUUAGACUGCACCUGAAAGUUUGAUCAAUGGACCUAUCUUGUGGGAUUAUAGUUUGCUUAUAAGGAUUUCUUGAAGCAAAACAUGAUCAA
..........((((((.(((((((((((.((((((((.........)))))))).))))))))))).))))))((((((..(((((((...(((....))).)))))))..)))))).. ( -45.20)
>canFam1.chr32/16870553-16870433
AUGCCAUAAUUCUAUAGAACAGAUCCAUUAAUUAUACCUCCCCUGAAAGAAUAAUUAAUGGAUCUGUCCUAUGGGAUUAAAGUUUAUUUAUAAGAAUUUCUUGAAGUGAAACAUGAUCAA
......(((((((((((.(((((((((((((((((..((........)).))))))))))))))))).)))))))))))...(((((((.((((.....))))))))))).......... ( -37.80)
>consensus
AUGCCAUAAUUCCAUAGCACAGAUCCAUUAAUUAGACCUCCCCUGAAAGCAUAAUCAAUGGACCUGUCCUAUGGGAUUAAAGUUUAUUUAUAAGGAUUUCUUGAAGCAAAACAUGAUCAA
...........((((((.(((((((((((((((((((((.......))))))))))))))))))))).))))))(((((...(((((((...(((....))).)))))))...))))).. (-39.67 = -38.05 +  -1.62)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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