Structure #138354
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr4 |
| Strand | + |
| Position | 91,996,694 - 91,996,814 |
| Number of sequences | 4 |
| Organisms | human, mouse, rat, dog |
| Mean pairwise identity | 80.42 |
| Columns | 120 |
| Mean single MFE | -33.55 |
| Consensus MFE | -25.3 |
| Combinations/base pair | 38 / 32 = 1.19 |
| SCI | 0.75 |
| z-score | -4.3 |
| RNA class probability | 0.999758 |
This structure is part of cluster 76224
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 80.42 Mean single sequence MFE: -33.55 Consensus MFE: -25.30 Energy contribution: -28.55 Covariance contribution: 3.25 Mean z-score: -4.30 Structure conservation index: 0.75 SVM decision value: 4.01 SVM RNA-class probability: 0.999758 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr4/91996694-91996814 UUAAUCCCAUAGGACAGAUCCAUUAAUUAUGCUUUCAGGGGAGGCAUAAUUAAUGGAUCUGUACUAUGGAAUUAUAGCAUUCAGUAAAUAUUAAUAAUGAAAACUCAUUCUACCAAGCAC .((((.((((((.((((((((((((((((((((((.....)))))))))))))))))))))).)))))).)))).....................(((((....)))))........... ( -44.40) >mm5.chr6/61722432-61722552 AUAAUCCCACAAGACAGGUCCAUUGACCAAGCUUUCAGGGGAAGUCUAAUUAAUGGAGCCAUGCUAUAGAAUUAUGACAUUCAAUAAAUAUUAAUAAUGUGAGCUCACUUCACUGUGUGC .......((((((.((((((((((((....(((((.....)))))....)))))))).)).))))...((((......))))...............)))).((.(((......))).)) ( -25.20) >rn3.chr4/90812329-90812448 AUAAUCCCACAAGAUAGGUCCAUUGAUCAAACUUUCAGGUGCAGUCUAAUUAAUGGACCCAUGCUAUGGAAUAUGGCAUUCAAAAAAUAUUAAUAAUGUGAAAUCACUUCACUGUGUGC .......((((.(((((((((((((((.(.(((.........))).).))))))))))).((((((((...))))))))........))))......(((((.....)))))))))... ( -26.80) >canFam1.chr32/16870473-16870593 UUAAUCCCAUAGGACAGAUCCAUUAAUUAUUCUUUCAGGGGAGGUAUAAUUAAUGGAUCUGUUCUAUAGAAUUAUGGCAUUCAGUAAAUAUUAAUAAUGCAAACUCAUUCUACCAAGCAC ........(((((((((((((((((((((((((((....))))).))))))))))))))))))))))(((((....(((((...((.....))..)))))......)))))......... ( -37.80) >consensus AUAAUCCCACAAGACAGAUCCAUUAAUCAAGCUUUCAGGGGAAGUAUAAUUAAUGGAUCCAUGCUAUAGAAUUAUGGCAUUCAAUAAAUAUUAAUAAUGUAAACUCACUCCACCAAGCAC .((((.((((((.((((((((((((((((((((((.....)))))))))))))))))))))).)))))).)))).............................................. (-25.30 = -28.55 + 3.25)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
