Structure #138355

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr4
Strand	-
Position	91,996,694 - 91,996,814
Number of sequences	4
Organisms	human, mouse, rat, dog
Mean pairwise identity	80.42
Columns	120
Mean single MFE	-37.65
Consensus MFE	-39.04
Combinations/base pair	66 / 46 = 1.43
SCI	1.04
z-score	-4.83
RNA class probability	0.997292

This structure is part of cluster 76224

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  80.42
 Mean single sequence MFE: -37.65
 Consensus MFE: -39.04
 Energy contribution: -37.10
 Covariance contribution:  -1.94
 Mean z-score:  -4.83
 Structure conservation index:   1.04
 SVM decision value:   2.83
 SVM RNA-class probability: 0.997292
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr4/91996814-91996694
GUGCUUGGUAGAAUGAGUUUUCAUUAUUAAUAUUUACUGAAUGCUAUAAUUCCAUAGUACAGAUCCAUUAAUUAUGCCUCCCCUGAAAGCAUAAUUAAUGGAUCUGUCCUAUGGGAUUAA
((..(..((((((((......)))........)))))..)..))..(((((((((((.(((((((((((((((((((.((....))..))))))))))))))))))).))))))))))). ( -47.50)
>mm5.chr6/61722552-61722432
GCACACAGUGAAGUGAGCUCACAUUAUUAAUAUUUAUUGAAUGUCAUAAUUCUAUAGCAUGGCUCCAUUAAUUAGACUUCCCCUGAAAGCUUGGUCAAUGGACCUGUCUUGUGGGAUUAU
((.(((......))).))..((((..(((((....))))))))).((((((((((((.((((.((((((.((((..(((.......)))..)))).)))))).)))).)))))))))))) ( -26.70)
>rn3.chr4/90812448-90812329
GCACACAGUGAAGUGAUUUCACAUUAUUAAUAUUUUUUGAAUGCCAUAUUCCAUAGCAUGGGUCCAUUAAUUAGACUGCACCUGAAAGUUUGAUCAAUGGACCUAUCUUGUGGGAUUAU
(((....((((((...))))))....((((......)))).)))...(((((((((.(((((((((((.((((((((.........)))))))).))))))))))).)))))))))... ( -38.20)
>canFam1.chr32/16870593-16870473
GUGCUUGGUAGAAUGAGUUUGCAUUAUUAAUAUUUACUGAAUGCCAUAAUUCUAUAGAACAGAUCCAUUAAUUAUACCUCCCCUGAAAGAAUAAUUAAUGGAUCUGUCCUAUGGGAUUAA
((..(..(((((...(((.......)))....)))))..)..))..(((((((((((.(((((((((((((((((..((........)).))))))))))))))))).))))))))))). ( -38.20)
>consensus
GCACACAGUAAAAUGAGUUCACAUUAUUAAUAUUUACUGAAUGCCAUAAUUCCAUAGCACAGAUCCAUUAAUUAGACCUCCCCUGAAAGCAUAAUCAAUGGACCUGUCCUAUGGGAUUAA
(((.(((((((((((......)))........)))))))).)))..(((((((((((.(((((((((((((((((((((.......))))))))))))))))))))).))))))))))). (-39.04 = -37.10 +  -1.94)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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