Structure #140503
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr4 |
| Strand | + |
| Position | 135,577,167 - 135,577,286 |
| Number of sequences | 4 |
| Organisms | human, dog, mouse, rat |
| Mean pairwise identity | 81.25 |
| Columns | 120 |
| Mean single MFE | -27.78 |
| Consensus MFE | -19.29 |
| Combinations/base pair | 47 / 40 = 1.18 |
| SCI | 0.69 |
| z-score | -2.6 |
| RNA class probability | 0.986776 |
This structure is part of cluster 77493
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 81.25 Mean single sequence MFE: -27.77 Consensus MFE: -19.29 Energy contribution: -23.22 Covariance contribution: 3.94 Mean z-score: -2.60 Structure conservation index: 0.69 SVM decision value: 2.05 SVM RNA-class probability: 0.986776 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr4/135577167-135577286 CACAAUAAACUAUUCUGUGUGUGAAUUAUGGGGUAACAAUUCACACCUUGUGCAUUAAAUGGAGCUCAGUAUGAUCUUAUGUCUACCCAUGCAAAGGAUGUGAAUUAUUACAUCAUCAU ((((....((......)).))))....(((..((((.((((((((((((.(((((....((((....((......))....))))...))))))))).)))))))).))))..)))... ( -28.20) >canFam1.chr19/46120485-46120365 CAUAAUAAACCAUUUUAUGGUGUGAAAUAUAGGGUAAUAUUUCACACCUUGUGCAUUAAAUGAAGCUCAGUACAGUCUUACAUCUAACAAUGCAAAGGGUAUGAAUUAUUACAUCAUAAU ........(((((...)))))............((((((.((((.(((((.((((((..((((((((......)).))).))).....)))))).))))).)))).))))))........ ( -26.20) >mm5.chr3/46524367-46524487 CACAGUAAAGCACUCCAUGCUGUGAGUUAUGGAAUAAUAAUCAACACCUCCUGCACUAAAUAGUGCUCUGUACAGCCUUAUAUCUAACAAUGCAAUGGGUGUGAAUUAUUACAUCAUAAU (((((((..........))))))).(((((((..(((((((..((((((..((((((....)))(((......)))...............)))..))))))..)))))))..))))))) ( -30.70) >rn3.chr2/134205748-134205868 UACAAUAAACUACUUCAUGCUGUGAAUUAUGGGAUAAUAAUCAACACCUUGUGCACUAAAUAGUGCUCAGUACAGCCUUACAUUUAACAAUGCAAUGGGUGUGAAUUAUUACAUCAUAUU .............(((((...))))).(((((..(((((((..((((((((.(((((....))))).))(((......)))...............))))))..)))))))..))))).. ( -26.00) >consensus CACAAUAAACCACUCCAUGCUGUGAAUUAUGGGAUAAUAAUCAACACCUUGUGCACUAAAUAGAGCUCAGUACAGCCUUACAUCUAACAAUGCAAAGGGUGUGAAUUAUUACAUCAUAAU ..........(((........))).(((((((.(((((((((((((((((.((((((..((((.(((......))).)))).......)))))).))))))))))))))))).))))))) (-19.29 = -23.22 + 3.94)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
