Structure #140505

Summary

Genome/Assembly hg17
Chromosome/Contig chr4
Strand -
Position 135,577,167 - 135,577,286
Number of sequences 4
Organisms human, dog, mouse, rat
Mean pairwise identity 81.25
Columns 120
Mean single MFE -32.18
Consensus MFE -24.74
Combinations/base pair 56 / 39 = 1.44
SCI 0.77
z-score -3.24
RNA class probability 0.998951

This structure is part of cluster 77493

Alignment

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  81.25
 Mean single sequence MFE: -32.17
 Consensus MFE: -24.74
 Energy contribution: -23.80
 Covariance contribution:  -0.94
 Mean z-score:  -3.24
 Structure conservation index:   0.77
 SVM decision value:   3.30
 SVM RNA-class probability: 0.998951
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr4/135577286-135577167
AUGAUGAUGUAAUAAUUCACAUCCUUUGCAUGGGUAGACAUAAGAUCAUACUGAGCUCCAUUUAAUGCACAAGGUGUGAAUUGUUACCCCAUAAUUCACACACAGAAUAGUUUAUUGUG
...(((..(((((((((((((.(((((((((.((.((.....((......))...)))).....))))).)))))))))))))))))..)))........(((((((....)).))))) ( -30.60)
>canFam1.chr19/46120365-46120485
AUUAUGAUGUAAUAAUUCAUACCCUUUGCAUUGUUAGAUGUAAGACUGUACUGAGCUUCAUUUAAUGCACAAGGUGUGAAAUAUUACCCUAUAUUUCACACCAUAAAAUGGUUUAUUAUG
........(((((((..(((......(((((((...((((.(((.((......))))))))))))))))...((((((((((((......)))))))))))).....)))..))))))). ( -32.90)
>mm5.chr3/46524487-46524367
AUUAUGAUGUAAUAAUUCACACCCAUUGCAUUGUUAGAUAUAAGGCUGUACAGAGCACUAUUUAGUGCAGGAGGUGUUGAUUAUUAUUCCAUAACUCACAGCAUGGAGUGCUUUACUGUG
.(((((..(((((((((.(((((..((((((...((((((....(((......)))..))))))))))))..))))).)))))))))..)))))..(((((...((....))...))))) ( -35.00)
>rn3.chr2/134205868-134205748
AAUAUGAUGUAAUAAUUCACACCCAUUGCAUUGUUAAAUGUAAGGCUGUACUGAGCACUAUUUAGUGCACAAGGUGUUGAUUAUUAUCCCAUAAUUCACAGCAUGAAGUAGUUUAUUGUA
..((((..(((((((((.(((((..(((((((....)))))))...(((((((((.....)))))))))...))))).)))))))))..)))).((((.....))))............. ( -30.20)
>consensus
AUUAUGAUGUAAUAAUUCACACCCAUUGCAUUGUUAGAUAUAAGACUGUACUGAGCACCAUUUAAUGCACAAGGUGUGAAUUAUUACCCCAUAAUUCACAGCAUAAAAUAGUUUAUUGUG
..((((..(((((((((((((((...(((((...((((((....(((......)))..)))))))))))...)))))))))))))))..))))........(((((.(.....).))))) (-24.74 = -23.80 +  -0.94) 

	

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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