Structure #140505
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr4 |
Strand | - |
Position | 135,577,167 - 135,577,286 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, dog, mouse, rat |
Mean pairwise identity | 81.25 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -32.18 |
Consensus MFE | -24.74 |
Combinations/base pair | 56 / 39 = 1.44 |
SCI | 0.77 |
z-score | -3.24 |
RNA class probability | 0.998951 |
This structure is part of cluster 77493
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 81.25 Mean single sequence MFE: -32.17 Consensus MFE: -24.74 Energy contribution: -23.80 Covariance contribution: -0.94 Mean z-score: -3.24 Structure conservation index: 0.77 SVM decision value: 3.30 SVM RNA-class probability: 0.998951 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr4/135577286-135577167 AUGAUGAUGUAAUAAUUCACAUCCUUUGCAUGGGUAGACAUAAGAUCAUACUGAGCUCCAUUUAAUGCACAAGGUGUGAAUUGUUACCCCAUAAUUCACACACAGAAUAGUUUAUUGUG ...(((..(((((((((((((.(((((((((.((.((.....((......))...)))).....))))).)))))))))))))))))..)))........(((((((....)).))))) ( -30.60) >canFam1.chr19/46120365-46120485 AUUAUGAUGUAAUAAUUCAUACCCUUUGCAUUGUUAGAUGUAAGACUGUACUGAGCUUCAUUUAAUGCACAAGGUGUGAAAUAUUACCCUAUAUUUCACACCAUAAAAUGGUUUAUUAUG ........(((((((..(((......(((((((...((((.(((.((......))))))))))))))))...((((((((((((......)))))))))))).....)))..))))))). ( -32.90) >mm5.chr3/46524487-46524367 AUUAUGAUGUAAUAAUUCACACCCAUUGCAUUGUUAGAUAUAAGGCUGUACAGAGCACUAUUUAGUGCAGGAGGUGUUGAUUAUUAUUCCAUAACUCACAGCAUGGAGUGCUUUACUGUG .(((((..(((((((((.(((((..((((((...((((((....(((......)))..))))))))))))..))))).)))))))))..)))))..(((((...((....))...))))) ( -35.00) >rn3.chr2/134205868-134205748 AAUAUGAUGUAAUAAUUCACACCCAUUGCAUUGUUAAAUGUAAGGCUGUACUGAGCACUAUUUAGUGCACAAGGUGUUGAUUAUUAUCCCAUAAUUCACAGCAUGAAGUAGUUUAUUGUA ..((((..(((((((((.(((((..(((((((....)))))))...(((((((((.....)))))))))...))))).)))))))))..)))).((((.....))))............. ( -30.20) >consensus AUUAUGAUGUAAUAAUUCACACCCAUUGCAUUGUUAGAUAUAAGACUGUACUGAGCACCAUUUAAUGCACAAGGUGUGAAUUAUUACCCCAUAAUUCACAGCAUAAAAUAGUUUAUUGUG ..((((..(((((((((((((((...(((((...((((((....(((......)))..)))))))))))...)))))))))))))))..))))........(((((.(.....).))))) (-24.74 = -23.80 + -0.94)