Structure #140507
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr4 |
Strand | + |
Position | 135,577,206 - 135,577,326 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, dog, mouse, rat |
Mean pairwise identity | 83.89 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -26.85 |
Consensus MFE | -17.5 |
Combinations/base pair | 37 / 31 = 1.19 |
SCI | 0.65 |
z-score | -3.28 |
RNA class probability | 0.985379 |
This structure is part of cluster 77493
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 83.89 Mean single sequence MFE: -26.85 Consensus MFE: -17.50 Energy contribution: -20.75 Covariance contribution: 3.25 Mean z-score: -3.28 Structure conservation index: 0.65 SVM decision value: 2.00 SVM RNA-class probability: 0.985379 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr4/135577206-135577326 UUCACACCUUGUGCAUUAAAUGGAGCUCAGUAUGAUCUUAUGUCUACCCAUGCAAAGGAUGUGAAUUAUUACAUCAUCAUUCACAUCCUGUUGUGUUGUGCUUCUUAAAUAUCAUCUUUU ..(((.....)))........(((((.(((((.(((.....))))))..(((((((((((((((((.((......)).))))))))))).)))))))).)))))................ ( -27.20) >canFam1.chr19/46120525-46120405 UUCACACCUUGUGCAUUAAAUGAAGCUCAGUACAGUCUUACAUCUAACAAUGCAAAGGGUAUGAAUUAUUACAUCAUAAUUCACAUCCUGUUGUGUUGUGCUUCUUAAAUAUCAUCUUUU ..(((.....)))........(((((...(((......))).....((((((((((((((.((((((((......)))))))).))))).))))))))))))))................ ( -28.30) >mm5.chr3/46524407-46524527 UCAACACCUCCUGCACUAAAUAGUGCUCUGUACAGCCUUAUAUCUAACAAUGCAAUGGGUGUGAAUUAUUACAUCAUAAUUCAUACCCUGUUGUGCUAUGUUUCUUAAAAAUCAUCAUUU ..((((......(((((....)))))...(((((((....(((......)))....(((((((((((((......))))))))))))).)))))))..)))).................. ( -29.10) >rn3.chr2/134205788-134205908 UCAACACCUUGUGCACUAAAUAGUGCUCAGUACAGCCUUACAUUUAACAAUGCAAUGGGUGUGAAUUAUUACAUCAUAUUUCAUACCGUGAUUUCUUAUGUUUCUUAAAAAUCAUCAUUU ........(((.(((((....))))).))).......................((((((((((((.(((......))).))))))))(((((((.(((.......)))))))))))))). ( -22.80) >consensus UCAACACCUUGUGCACUAAAUAGAGCUCAGUACAGCCUUACAUCUAACAAUGCAAAGGGUGUGAAUUAUUACAUCAUAAUUCACACCCUGUUGUGUUAUGCUUCUUAAAAAUCAUCAUUU ........(((.(((((....))))).)))................(((((((((((((((((((((((......)))))))))))))).)))))))))..................... (-17.50 = -20.75 + 3.25)