Structure #144734
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr5 |
Strand | + |
Position | 32,415,147 - 32,415,259 |
Number of sequences | 6 |
Organisms | human, mouse, rat, dog, chicken, fugu, zebrafish |
Mean pairwise identity | 66.22 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -22.44 |
Consensus MFE | -13.16 |
Combinations/base pair | 20 / 17 = 1.18 |
SCI | 0.59 |
z-score | -1.57 |
RNA class probability | 0.906902 |
This structure is part of cluster 80020
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 6 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 66.22 Mean single sequence MFE: -22.44 Consensus MFE: -13.16 Energy contribution: -13.83 Covariance contribution: 0.67 Mean z-score: -1.57 Structure conservation index: 0.59 SVM decision value: 1.05 SVM RNA-class probability: 0.906902 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr5/32415147-32415259 AAUACCACCGUUCAAUGGAAGCUCAGAUAAAAACAAAAACAAUCACACUUAAAAUUGGAUUCAAUGAGCUGCCAUUUACAGCAGUAUUUUAUGCCAGGGUUAGUAUUUAAAA (((((.(((((..(((((.(((((.(((.............))).........((((....))))))))).))))).)).(((........)))...)))..)))))..... ( -20.12) >mm5.chr15/92056188-92056076 AAUACCACUGUUCAAUGGAAGCUCAGAUUAAAAAUAAAAAUAAUUACGUUUAAAUUGGUUUCAAUGAGCUGCCAUUUACAGCAAUAUUUUAUGCCAGAGUUAGUAUUUAAAA .......((((..(((((.(((((...(((((..(((......)))..)))))((((....))))))))).))))).)))).....((..((((........))))..)).. ( -18.50) >canFam1.chr4/13050646-13050529 AAUACCACUGUUCAAUGGAAGCUCAGAUAAAAAUAAAACAAAAAUAACCACACUUAAAAUUAGAUUCAAUGAGCUGCCAUUUACAGCAGUAUUUUAUGCCAGGGUUAGUAUUUAAAA (((((..((((..(((((.((((((............................................)))))).))))).))))..)))))........................ ( -18.70) >galGal2.chrZ_random/9013928-9014040 AACACCACUGUUCAAUGGAAGCUCAGAUCCAAGACUGAAACAAAUAAUUUUACAAGUUUACUCCAUGAGCUGCCAUUUACAGCAGUAUUUUAUACAGGGUUAGUAAUUUAAG (((.((.((((..(((((.((((((......(((((.(((........)))...)))))......)))))).))))).))))..((((...)))).)))))........... ( -23.90) >fr1.chrUn/60595448-60595540 AACGCUACUGUGAUAGUGGAAGCUCGAGUUUGGUCUGAAAACUCUGCAGACAGCUGCCAUUCCCAGUAGGCUCGUGCCUCACAGUUAGUAAA ...((((((((((((.(((......((((((.......)))))).((((....)))).....))).))(((....))))))))).))))... ( -29.90) >danRer1.chr5/21624661-21624766 AACACCACUGUUCACAAUGGAAGCUUUUAAUGGGAUUUUAAUCAGCUGGGCCAAUUGGUUUCCAUAAGCUGCCAUUUCCAGCAGUAUUUUACCUCACCAUUAGUA ......((((((...(((((.(((((...((((((..(((((..((...))..))))).))))))))))).)))))...)))))).................... ( -23.50) >consensus AACACCACUGUU__CAAUGGAAGCUCAGA_UAAAAAC_____AAAAACAACUACACUUAAAAUUGGAUUCAAUGAGCUGCCAUUUACAGCAGUAUUUUAUGCCAGGGUUAGUAUUUAAAA ......((((((...(((((.((((((.............................................)))))).)))))...))))))........................... (-13.16 = -13.83 + 0.67)