Structure #144737
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr5 |
| Strand | - |
| Position | 32,415,147 - 32,415,259 |
| Number of sequences | 6 |
| Organisms | human, mouse, rat, dog, chicken, fugu, zebrafish |
| Mean pairwise identity | 66.22 |
| Columns | 120 |
| Mean single MFE | -28.97 |
| Consensus MFE | -19.14 |
| Combinations/base pair | 29 / 22 = 1.32 |
| SCI | 0.66 |
| z-score | -2.82 |
| RNA class probability | 0.990711 |
This structure is part of cluster 80020
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 6 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 66.22 Mean single sequence MFE: -28.97 Consensus MFE: -19.14 Energy contribution: -19.40 Covariance contribution: 0.25 Mean z-score: -2.82 Structure conservation index: 0.66 SVM decision value: 2.23 SVM RNA-class probability: 0.990711 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr5/32415259-32415147 UUUUAAAUACUAACCCUGGCAUAAAAUACUGCUGUAAAUGGCAGCUCAUUGAAUCCAAUUUUAAGUGUGAUUGUUUUUGUUUUUAUCUGAGCUUCCAUUGAACGGUGGUAUU ........................(((((..((((.(((((.((((((.((((..(((...(((......)))...)))..))))..)))))).)))))..))))..))))) ( -30.10) >mm5.chr15/92056076-92056188 UUUUAAAUACUAACUCUGGCAUAAAAUAUUGCUGUAAAUGGCAGCUCAUUGAAACCAAUUUAAACGUAAUUAUUUUUAUUUUUAAUCUGAGCUUCCAUUGAACAGUGGUAUU ........................(((((..((((.(((((.(((((((((....))).(((((.((((......)))).)))))..)))))).)))))..))))..))))) ( -27.50) >canFam1.chr4/13050529-13050646 UUUUAAAUACUAACCCUGGCAUAAAAUACUGCUGUAAAUGGCAGCUCAUUGAAUCUAAUUUUAAGUGUGGUUAUUUUUGUUUUAUUUUUAUCUGAGCUUCCAUUGAACAGUGGUAUU ........................(((((..((((.(((((.((((((.((((..(((....(((((....))))).....)))..))))..)))))).)))))..))))..))))) ( -29.30) >galGal2.chrZ_random/9014040-9013928 CUUAAAUUACUAACCCUGUAUAAAAUACUGCUGUAAAUGGCAGCUCAUGGAGUAAACUUGUAAAAUUAUUUGUUUCAGUCUUGGAUCUGAGCUUCCAUUGAACAGUGGUGUU .......................(((((..((((.(((((.((((((.(((.(((((..(((....)))..)))).).)))......)))))).)))))..))))..))))) ( -30.10) >fr1.chrUn/60595540-60595448 UUUACUAACUGUGAGGCACGAGCCUACUGGGAAUGGCAGCUGUCUGCAGAGUUUUCAGACCAAACUCGAGCUUCCACUAUCACAGUAGCGUU .......((((((((((.((((....(((..(((.((((....))))...)))..)))......)))).))).......)))))))...... ( -27.81) >danRer1.chr5/21624766-21624661 UACUAAUGGUGAGGUAAAAUACUGCUGGAAAUGGCAGCUUAUGGAAACCAAUUGGCCCAGCUGAUUAAAAUCCCAUUAAAAGCUUCCAUUGUGAACAGUGGUGUU ((((........)))).(((((..(((..(((((.(((((((((.....(((..((...))..)))......))))...))))).))))).....)))..))))) ( -29.00) >consensus UUUUAAAUACUAACCCUGGCAUAAAAUACUGCUGUAAAUGGCAGCUCAUUGAAUCCAAUUUUAAGCGUAAUUGUUUUU_____AUUUUUA_UCUGAGCUUCCAUUG__AACAGUGGUAUU ........................(((((((((((.(((((.((((((.............................................)))))).)))))....))))))))))) (-19.14 = -19.40 + 0.25)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
